kısmi Uzaklık Tabanlı RDA - Centroidler Plot

Question

dan yok oldu Örneklerin tekrarlanan ölçümler karakterini düzeltmek için alan.ID ile kısmi bir db-RDA çalıştırmaya çalışıyorum. Ancak Koşul (alan.ID) de dahil olmak üzere, arsadan gelen ana faktörün merkezkaçlarının ortadan kalkmasına yol açar (soldaki parsel). Tasarım: Ardı ardına iki ardışık yılda türler için 12 alan örneklenmiştir. Ayrıca her yıl referans alanlarından 3 örnek örnek alınmıştır. Bu üç alan, eski alanların mevcut olmaması nedeniyle ikinci yılda değiştirilmiştir. Ek olarak bazı çevresel değişkenler örneklenmiştir (Azot, Toprak nemi, Sıcaklık). Her alanın bir tanımlayıcısı vardır (field.ID). field.ID değerini kullanma Koşul F1 faktörünü hatalı olarak kaldırıyor gibi görünüyor. Ancak Koşul olarak Örnekleme kampanyası (SC) kullanarak değil. İkincisi kısmi db-RDA tekrarlanan ölçümler için düzeltmek için hizip mi?

set.seed (1234)

df.exp <- data.frame(field.ID = factor(c(1:12,13,14,15,1:12,16,17,18)), 
        SC = factor(rep(c(1,2), each=15)), 
        F1 = factor(rep(rep(c("A","B","C","D","E"),each=3),2)), 
        Nitrogen = rnorm(30,mean=0.16, sd=0.07), 
        Temp = rnorm(30,mean=13.5, sd=3.9), 
        Moist = rnorm(30,mean=19.4, sd=5.8)) 

df.rsp <- data.frame(Spec1 = rpois(30, 5), 
        Spec2 = rpois(30,1), 
        Spec3 = rpois(30,4.5), 
        Spec4 = rpois(30,3), 
        Spec5 = rpois(30,7), 
        Spec6 = rpois(30,7), 
        Spec7 = rpois(30,5)) 

data=cbind(df.exp, df.rsp)     



dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(SC), df.exp); ordiplot(dbRDA) 
dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(field.ID), df.exp); ordiplot(dbRDA) 

Answer 1

Dışarı kısmi varyasyon ID nedeniyle ve daha sonra bu ID değişken Aliased anlatmaya çalışacağım, ama zaten dışarı partialled edildi.

Some constraints were aliased because they were collinear (redundant) 

Ve detaylar için sorduğunuzda aslında, sen

> alias(dbRDA, names=TRUE) 
[1] "F1B" "F1C" "F1D" "F1E" 

F1? değişkenler zaten partialled hangi ID içinde sabit olduğunu olsun ve hiçbir şey: baskılı çıktıda anahtar hat şuydu açıklamak için ayrıldı.