R plot filled.contour() çıktısı ggpplot2

Question

Bu şekil, fill.contour() ile oluşturulan grafiği çizmek istiyorum ancak ggplot2'de bunu nasıl yapabilirim?

Ggplot2'yi kullanmak istiyorum çünkü grafik kuralları daha kolay. Filled.contour() kullanmak istediğim nedeni, geom_tile() ve image.plot() 'ı denedim ve her ikisi de çıkışlar gibi çok fayans yarattılar ve fill.contour()' a benzer bir çıktıya ihtiyacım var.

Bu

benim rakamdır:

Kodu: Verilerin

library(akima) 

df <-read.table("Petra_phytoplankton+POM_xydata_minusNAs_noduplicates.txt",header=T) 
attach(df) 
names(df) 
fld <- with(df, interp(x = longitude, y = latitude, z = d13C)) 

filled.contour.ungeoreferenced <- 
    (filled.contour(x = fld$x, 
        y = fld$y, 
        z = fld$z, 
        color.palette = 
        colorRampPalette(c("blue", "green", "yellow", 
             "orange", "red")), 
        xlab = "Longitude", 
        ylab = "Latitude", 
        key.title = title(main = "d13C", 
            cex.main = 1))) 

Pasajı:

latitude longitude d13C 
-65 -70 -27.7 
-61 150 -32.2 
-61 150 -28.3 
-60 116 -26.8 
-60 116 -24.7 
-47 38 -24.8 
-38 150 -20.5 
19 -65.7 -19.9 
19 -65.5 -18.5 
18 -60.7 -20 
18 -58.5 -18.2 
18 -57.8 -19 
17 -55.4 -18.6 
17 -50.8 -18 
17 -47.1 -18.3 
17 -45.5 -19.4 
16 -43.3 -17.9 
15 -40.7 -18.5 
14 -39.3 -19.9 
12 -36.7 -19.9 
12 -36.2 -19.9 
11 -34.4 -19.2 
10 -32 -18.5 
9 -30.3 -19.3 
8 -29.2 -19.4 
7 -26.6 -18.2 
7 -25.5 -19.3 
6 23.9 -20 
3 -21.3 -20.4 

Answer 1

ben ggplot2 website den örnek aldı.

# Generate data 
library(reshape2) # for melt 
volcano3d <- melt(volcano) 
names(volcano3d) <- c("x", "y", "z") 

# Basic plot 
v <- ggplot(volcano3d, aes(x, y, z = z)) + 
    stat_contour(geom="polygon", aes(fill=..level..)) 

x ve y

da Long ve Lat ve istediğiniz kadar z D13C

Answer 2

Renkleri çimdik geçerli:

gdat <- interp2xyz(fld, data.frame=TRUE) 

ggplot(gdat) + 
    aes(x = x, y = y, z = z, fill = z) + 
    geom_tile() + 
    coord_equal() + 
    geom_contour(color = "white", alpha = 0.5) + 
    scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
    theme_bw() 

Sen pikselleşme azaltabilir interpolasyon yoğunluğunu artırarak bazı işlem süresinin maliyetine:

fld <- with(df, interp(x = longitude, 
         y = latitude, 
         z = d13C, 
         xo = seq(min(longitude), max(longitude), length=400), 
         duplicate="mean")) 

ve ayrıca bin genişliğini azaltan:

ggplot(gdat) + 
    aes(x = x, y = y, z = z) + 
    geom_tile(aes(fill=z)) + 
    coord_equal() + 
    stat_contour(aes(fill=..level..), geom="polygon", binwidth=0.005) + 
    geom_contour(color="white", alpha=0.5) + 
    scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
    theme_bw() 

NOT: Bu iyi bir masaüstü sistemi üzerinde belirgin bir kaç saniye crunch gidiyor. Benim oldukça kaslı MacBook üzerinde o Pro oldu:

user system elapsed 
    6.931 0.655 8.153 

Answer 3

@ hrbrmstr en az örneği takip için ayrıca sizin için ggplot2 bilgi işlem "z" sahip olabilir:

library(ggplot2) 
ggplot(data = faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) + 
    stat_density2d(aes(colour = ..level.., fill = ..level..), geom = "polygon")