opencpu içinde kullanıcı hesabı altında R paketlerine erişemiyor

Question

Bir kullanıcının hesabı altında kurulmuş olan R paketlerine opencpu'dan erişmeye çalışıyorum. O kullanıcı olarak Ar başlattığınızda ben paket yüklü olduğunu görebilirsiniz: Ancak

> installed.packages() 
      Package  LibPath           
RLIM  "RLIM"  "/limdata/ali/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0" 
... 
> system('whoami'); 
ali 

, ben opencpu gelen kitaplığı erişmeye çalıştığınızda, ben paketi belirten hatalar bulunamadı olsun:

$ curl -L http://<my.server>/ocpu/user/ali/library/RLIM 
there is no package called 'RLIM' 

In call: 
find.package(pkgname, lib.loc = lib.loc) 
# from same server, to confirm opencpu is running... 
$ curl -L http://<my.server>/ocpu/library 
base 
bitops 
boot 
brew 
... 

Herhangi bir yardım büyük memnuniyetle karşılanacaktır!

Platformu bilgi:

• Host: Ubuntu 12.04
• opencpu-sunucu 1.0.4-precise0
• opencpu-lib: 1.0.4-precise0
• R versiyonu 3.0.2 (2013 -09-25) - "Frisbee Sailing"

Answer 1

Ev kitaplığınız varsayılan olarak /home/ali/ konumunda değil gibi görünüyor. Bu nedenle, paketlerinize erişmek için bazı ek adımlar gereklidir.

Her şeyden önce, varsayılan güvenlik profili OpenCPU'nun /limdata/'a erişmesine izin vermez. Bunun gerçekten sorun olduğunu doğrulamak için /var/log/kern.log'a bakın ve APPARMOR ve DENIED içeren satırları arayın. Lütfen başlıklı bölümü okuyun. PDF server manual güvenlik profili'u özelleştirme.

, güvenlik profiline ev kütüphane eklemek /etc/apparmor.d/opencpu.d/custom düzenleyebilir ve bu satırları eklemek için:

/limdata/ r, 
/limdata/** mrix, 

Daha sonra yeniden başlatma AppArmor ve opencpu: güvenlik kısıtlamaları dikkatli olmalıdır

sudo service apparmor restart 
sudo service opencpu restart 

. Umarım bunu yapar. dürüst olmak gerekirse, ev dizininin /home dışında bir senaryoyu test etmedim ama eğer R_LIBS_USER ortam değişkeniniz doğru bir şekilde yapılandırılmışsa, çalışmalıdır. Bana izin vermeme izin vermezse