Ggplot2 arsada mükemmel uyum

Question

Kısıtlı bir kübik spline ana çizim olarak çizim yapmak ve X değişkeninin varyasyonunu göstermek için bir kutu-ve-bıyık grafiği eklemek istiyorum. Bununla birlikte, alt menteşe (x = 42), medyan (x = 51) ve üst menteşe (x = 61) ana grafiğin ilgili ızgara çizgisine tam olarak uymamıştır.

library(Hmisc) 
library(rms) 
library(ggplot2) 
library(gridExtra) 

data(pbc) 
d <- pbc 
rm(pbc) 
d$status <- ifelse(d$status != 0, 1, 0) 

dd = datadist(d) 
options(datadist='dd') 

f <- cph(Surv(time, status) ~ rcs(age, 4), data=d) 
p <- Predict(f, fun=exp) 
df <- data.frame(age=p$age, yhat=p$yhat, lower=p$lower, upper=p$upper) 

### 1st PLOT: main plot 
(g <- ggplot(data=df, aes(x=age, y=yhat)) + geom_line(size=1)) 

# CI 
(g <- g + geom_ribbon(data=df, aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=0.5, linetype=0, fill='#FFC000')) 

# white background 
(g <- g + theme_bw()) 

# X-axis 
(breaks <- round(boxplot.stats(p[,"age"])$stats)) 
(g <- g + scale_x_continuous(breaks=breaks, limits=range(p[,"age"]), labels=round(breaks))) 
(g <- g + xlab("Age")) 

# Y-Achse 
(g <- g + ylab("Hazard Ratio")) 

# size and color of axis 
(g <- g + theme(axis.line = element_line(color='black', size=1))) 
(g <- g + theme(axis.ticks = element_line(color='black', size=1))) 

(g <- g + theme(plot.background = element_blank())) 
#(g <- g + theme(panel.grid.major = element_blank())) 
(g <- g + theme(panel.grid.minor = element_blank())) 
(g <- g + theme(panel.border = element_blank())) 

### 2nd PLOT: box whisker plot 
describe(df$age, digits=0) 
round(range(df$age)) 
(gg <- ggplot(data=df, aes(x=1, y=age)) + geom_boxplot(outlier.shape=NA, size=1) + coord_flip()) 
(gg <- gg + theme(axis.line=element_blank())) # 
(gg <- gg + theme(axis.text.x=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(axis.text.y=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(axis.ticks=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(axis.title.x=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(axis.title.y=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(panel.background=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(panel.border=element_blank())) # 
(gg <- gg + theme(legend.position="none")) # 
(gg <- gg + theme(panel.grid.major=element_blank())) # 
(gg <- gg + theme(panel.grid.minor=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(plot.background=element_blank())) 
(gg <- gg + theme(plot.margin = unit(c(0,0,0,0), "in"))) 

(gg <- gg + scale_x_continuous(breaks=c(70,77,84), expand=c(0,0))) 

### FINAL PLOT: put box whisker plot in main plot 
(final.gg <- g + annotation_custom(ggplotGrob(gg), ymin=2.4, ymax=2.6)) 

1. Ben mükemmel bir uyum için değiştirmek için ne var?
2. kutu ve bıçağının y pozisyonunun otomatik olarak hizalanması için daha iyi bir yöntem var mı? Cevabınız için

GÜNCELLEME 1. teşekkürler! Aşağıda benim örneğinizi kodunuzla görebilirsiniz. Ancak, gördüğünüz gibi, alt menteşe, medyan ve üst menteşe hala uymuyor. Neyin yanlış gidiyor?

library(Hmisc) 
library(rms) 
library(ggplot2) 
library(gridExtra) 

data(pbc) 
d <- pbc 
rm(pbc, pbcseq) 
d$status <- ifelse(d$status != 0, 1, 0) 

dd = datadist(d) 
options(datadist='dd') 

f <- cph(Surv(time, status) ~ rcs(age, 4), data=d) 
p <- Predict(f, fun=exp) 
df <- data.frame(age=p$age, yhat=p$yhat, lower=p$lower, upper=p$upper) 

### 1st PLOT: main plot 
(breaks <- boxplot.stats(p[,"age"])$stats) 
g <- ggplot(data=df, aes(x=age, y=yhat)) + geom_line(size=1) + 
    geom_ribbon(data=df, aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=0.5, linetype=0, fill='#FFC000') + 
    theme_bw() + 
    scale_x_continuous(breaks=breaks) + 
    xlab("Age") + 
    ylab("Hazard Ratio") + 
    theme(axis.line = element_line(color='black', size=1), 
      axis.ticks = element_line(color='black', size=1), 
      plot.background = element_blank(), 
      # panel.border = element_blank(), 
      panel.grid.minor = element_blank()) 

### 2nd PLOT: box whisker plot 
gg <- ggplot(data=df, aes(x=1, y=age)) + 
    geom_boxplot(outlier.shape=NA, size=1) + 
    scale_y_continuous(breaks=breaks) + 
    ylab(NULL) + 
    coord_flip() + 
    # theme_bw() + 
    theme(axis.line=element_blank(), 
      # axis.text.x=element_blank(), 
      axis.text.y=element_blank(), 
      axis.ticks.y=element_blank(), 
      axis.title=element_blank(), 
      # panel.background=element_blank(), 
      panel.border=element_blank(), 
      # panel.grid.major=element_blank(), 
      panel.grid.minor=element_blank(), 
      # plot.background=element_blank(), 
      plot.margin = unit(c(0,0,0,0), "in"), 
      axis.ticks.margin = unit(0, "lines"), 
      axis.ticks.length = unit(0, "cm")) 

### FINAL PLOT: put box whisker plot in main plot 
(final.gg <- g + annotation_custom(ggplotGrob(gg), ymin=2.4, ymax=2.6)) 

Answer 1

Minör düzenleme: 2.0.0 axis.ticks.margin ggplot2 için Güncellenmesi sıfıra çeşitli element_blank öğe ve marjlarını ayarlamış olsa Boxplot olarak

itiraz edildi, varsayılan boşluklar yanlış hizalamaya neden olur. Bu alanlar aittir:

• axis.ticks.length
• xlab
Aşağıdaki kodda

, ben biraz senin kodu (O sakıncası yoktur) ve dışarı yorumladı yeniden düzenlenmiştir ettik Bazı kod satırları, böylece iki parselin hizalandığı görülebilir. Ayrıca iki arsada kopmaları breaks (min ve maksimum değerler, menteşeler ve medyan) yuvarlamaya da ayarlıyorum.

# X-axis 
(breaks <- boxplot.stats(p[,"age"])$stats) 

### 1st PLOT: main plot 
g <- ggplot(data=df, aes(x=age, y=yhat)) + geom_line(size=1) + 
    geom_ribbon(data=df, aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=0.5, linetype=0, fill='#FFC000') + 
    theme_bw() + 
    scale_x_continuous(breaks=breaks) + 
    xlab("Age") + 
    ylab("Hazard Ratio") + 
    theme(axis.line = element_line(color='black', size=1), 
     axis.ticks = element_line(color='black', size=1), 
     plot.background = element_blank(), 
     # panel.border = element_blank(), 
     panel.grid.minor = element_blank()) 

### 2nd PLOT: box whisker plot 
gg <- ggplot(data=df, aes(x=1, y=age)) + 
     geom_boxplot(outlier.shape=NA, size=1) + 
     scale_y_continuous(breaks=breaks) + 
     xlab(NULL) + 
     coord_flip() + 
    # theme_bw() + 
     theme(axis.line=element_blank(), 
     # axis.text.x=element_blank(), 
      axis.text.y=element_blank(), 
      axis.ticks.y=element_blank(), 
      axis.title=element_blank(), 
     # panel.background=element_blank(), 
      panel.border=element_blank(), 
     # panel.grid.major=element_blank(), 
      panel.grid.minor=element_blank(), 
     # plot.background=element_blank(), 
      plot.margin = unit(c(0,0,0,0), "in"), 
     # axis.ticks.margin = unit(0, "lines"), 
      axis.ticks.length = unit(0, "cm")) 

### FINAL PLOT: put box whisker plot in main plot 
(final.gg <- g + annotation_custom(ggplotGrob(gg), ymin=2.4, ymax=2.6)) 

Sen menteşeleri hesaplanması için o ggplot yöntemini boxplot.stats tarafından kullanılan yöntemden biraz farklıdır unutmamalıdır. Ana arsa dışında Boxplot konumlandırmak için gtable işlevlerini kullanarak

# ggplot's hinges 
bp = ggplot(data=df, aes(x=1, y=age)) + 
     geom_boxplot(outlier.shape=NA, size=1) 
bpData = ggplot_build(bp) 
bpData$data[[1]][1:5] 

Answer 2

Alternatif cevap. kutu arsa yüksekliği "h" parametresi

library(rms) 

# Data 
data(pbc) 
d <- pbc 
rm(pbc) 
d$status <- ifelse(d$status != 0, 1, 0) 

dd = datadist(d) 
options(datadist='dd') 

f <- cph(Surv(time, status) ~ rcs(age, 4), data=d) 
p <- Predict(f, fun=exp) 
df <- data.frame(age=p$age, yhat=p$yhat, lower=p$lower, upper=p$upper) 

# X-axis 
breaks <- boxplot.stats(p[,"age"])$stats 

# Main plot 
MP <- ggplot(data=df, aes(x=age, y=yhat)) + geom_line(size=1) + 
    geom_ribbon(data=df, aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=0.5, linetype=0, fill='#FFC000') + 
    theme_bw() + 
    scale_x_continuous(breaks=breaks) + 
    xlab("Age") + 
    ylab("Hazard Ratio") + 
    theme(axis.line = element_line(color='black', size=1), 
     axis.ticks = element_line(color='black', size=1), 
     panel.grid.minor = element_blank()) 

# Boxplot 
BP <- ggplot(data=df, aes(x=factor(1), y=age)) + 
     geom_boxplot(width = 1, outlier.shape=NA, size=1) + 
     geom_jitter(position = position_jitter(width = .3), size = 1) + 
     scale_y_continuous(breaks=breaks) + 
     coord_flip() + 
     theme_bw() + 
     theme(panel.border=element_blank(), 
      panel.grid=element_blank()) 

#### Set up the grobs and gtables here 
library(gtable) 
library(grid) 

h = 1/15 # height of boxplot panel relative to main plot panel 

# Get ggplot grobs 
gMP = ggplotGrob(MP) 
BPg = ggplotGrob(BP) 
BPg = gtable_filter(BPg, "panel") # from the boxplot, extract the panel only 

# In the main plot, get position of panel in the layout 
pos = gMP$layout[gMP$layout$name == "panel", c('t', 'l')] 

# In main plot, set height for boxplot 
gMP$heights[pos$t-2] = unit(h, "null") 

# Add boxplot to main plot 
gMP = gtable_add_grob(gMP, BPg, t=pos$t-2, l=pos$l) 

# Add small space 
gMP$heights[pos$t-1] = unit(5, "pt") 

# Draw it 
grid.newpage() 
grid.draw(gMP)