Dış etiketlere göre renk dendrogram dalları, etiket eşleşene kadar kökleri yukarı doğru yönlendirir

Question

Soru Color branches of dendrogram using an existing column'den itibaren, dalları dendrogramın yapraklarına yakın renklendirebilirim. Ancak, şimdiki dalında tüm yapraklar aynı etiketlere sahip kadar köke doğru dallar renklendirmek istiyorum: Kod: gösterildiği gibi

x<-1:100 
dim(x)<-c(10,10) 
set.seed(1) 
groups<-c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue") 
x.clust<-as.dendrogram(hclust(dist(x))) 

x.clust.dend <- x.clust 
labels_colors(x.clust.dend) <- groups 
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = groups, edgePar = "col") # add the colors. 
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = 3, edgePar = "lwd") # make the lines thick 
plot(x.clust.dend) 

bir dendrogramında üretir. Siyahın varsayılan rengine tek bir uyumsuzluk anahtarı olsa bile. Ben İstediğim bazı dış etiketlerin dayanmayan kendi kümeleri dayalı color_branches

x.clust.dend <-color_branches(x.clust.dend,k=3) 

gibi bunun nedeni renkleri kullanmaktan biraz farklıdır çıkan dendrograma

benzemek istiyorum.

Answer 1

Aradığınız işlev branches_attr_by_clusters. İşte nasıl kullanılacağını geçerli: Bu fonksiyon aslen dynamicTreeCut sonuçlarını görüntülemek için oluşturuldu

library(dendextend) 

x <- 1:100 
dim(x) <- c(10, 10) 
set.seed(1) 
groups <- c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue") 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x))) 

clusters <- as.numeric(factor(groups, levels = c("red", "blue"))) 
dend2 <- 
    branches_attr_by_clusters(dend , clusters, values = groups) 
plot(dend2) 

. Bkz the vignette for another example.