piton Yani numpy ikili düzenleme mesafeli

Question

, ben dizeleri bir numpy dizi var ve bu işlevi kullanarak öğelerin her çifti arasında ikili düzenleme-mesafe hesaplamak istiyorum: http://docs.scipy.org/doc/scipy-0.13.0/reference/generated/scipy.spatial.distance.pdist.html

gelen scipy.spatial.distance.pdist

>>> d[0:10] 
array(['TTTTT', 'ATTTT', 'CTTTT', 'GTTTT', 'TATTT', 'AATTT', 'CATTT', 
    'GATTT', 'TCTTT', 'ACTTT'], 
    dtype='|S5') 

Ancak, 'editdistance' seçeneğini olmadığı için bu nedenle, ben özelleştirilmiş mesafe fonksiyonu vermek istiyorum, şu şekildedir: benim dizinin

bir örneğidir. Bu çalıştı ve aşağıdaki hatayı karşı karşıya:

>>> import editdist 
>>> import scipy 
>>> import scipy.spatial 
>>> scipy.spatial.distance.pdist(d[0:10], lambda u,v: editdist.distance(u,v)) 

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/usr/local/epd-7.3.2/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/distance.py", line 1150, in pdist 
    [X] = _copy_arrays_if_base_present([_convert_to_double(X)]) 
    File "/usr/local/epd-7.3.2/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/distance.py", line 153, in _convert_to_double 
    X = np.double(X) 
ValueError: could not convert string to float: TTTTT 

Answer 1

Gerçekten pdist kullanmanız gerekiyorsa, önce sayısal formata Dizelerinizi dönüştürmek gerekir. Tüm dizeleri aynı uzunlukta olacağını biliyorsanız, yerine kolayca yapabilirsiniz: Bu sadece uint8 bayt uzun dizi olarak dizeleri dizinizi görür

numeric_d = d.view(np.uint8).reshape((len(d),-1)) 

, o zaman her bir orijinal dize olacak şekilde yeniden şekillendirir kendi başına üst üste. her zamanki gibi

In [18]: d.view(np.uint8).reshape((len(d),-1)) 
Out[18]: 
array([[84, 84, 84, 84, 84], 
     [65, 84, 84, 84, 84], 
     [67, 84, 84, 84, 84], 
     [71, 84, 84, 84, 84], 
     [84, 65, 84, 84, 84], 
     [65, 65, 84, 84, 84], 
     [67, 65, 84, 84, 84], 
     [71, 65, 84, 84, 84], 
     [84, 67, 84, 84, 84], 
     [65, 67, 84, 84, 84]], dtype=uint8) 

Sonra pdist kullanabilirsiniz: sevdiği örnekte, bu olmazdı. Sadece editdist işlevinizin dizgeden ziyade tamsayı dizileri beklediğinden emin olun. Hızlı bir şekilde .tostring() arayarak yeni girişler dönüştürebilirsiniz: bu sadece dizeleri için tasarlanmamış gibi

def editdist(x, y): 
    s1 = x.tostring() 
    s2 = y.tostring() 
    ... rest of function as before ... 

Answer 2

def my_pdist(data,f): 
 
    N=len(data) 
 
    matrix=np.empty([N*(N-1)/2]) 
 
    ind=0 
 
    for i in range(N): 
 
     for j in range(i+1,N): 
 
      matrix[ind]=f(data[i],data[j]) 
 
      ind+=1 
 
    return matrix