2014-10-14 37 views
7

Bir R paket skeç oluşturmak için knitr kullanıyorum. Bu işlem R 3.0'dan önce çalıştı, ancak paketi R 3.1.1 altında yeniden oluşturamadım."'knitr' bulunamadı" paketi/vignette oluşturma sırasında hata

% !Rnw weave = knitr 
%\VignetteEngine{knitr::knitr} 
%\VignetteIndexEntry{Model training and export} 

Benim paket açıklama dosyası bir içerir: - Burada ilk üç hatlarıdır

R CMD build Causata 
* checking for file ‘Causata/DESCRIPTION’ ... OK 
* preparing ‘Causata’: 
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK 
* installing the package to build vignettes 
* creating vignettes ... 

ERROR Error in loadVignetteBuilder(vigns$pkgdir) : 
    vignette builder 'knitr' not found Calls: <Anonymous> -> loadVignetteBuilder 
In addition: 
    Warning message: In tools::buildVignettes(dir = ".", tangle = TRUE) : 
    Files named as vignettes but with no recognized vignette engine: 
    ‘vignettes/Causata-vignette.rnw’ (Is a VignetteBuilder field missing?) 
Execution halted 

Benim vinyet dosyası VignetteEngine görüşmesi var: Ben R CMD build çalıştığınızda

bir hata mesajı almak VignetteBuilder alan:

VignetteBuilder: knitr 

Rnw vignettes için yönergeleri aydınlatan, bu yüzden gördüğüm hata iletisi tarafından şaşırdım.

Bu arada, ben doğrudan skeç oluşturmaya çalışırsanız, her şey mükemmel çalışıyor gibi görünüyor. Bu komut vinyet PDF oluşturur:

tools::buildVignettes(dir=".", tangle=TRUE) 

Benim sorun yalnızca R CMD build ile görünmektedir. İnşa neden çalışmıyor?

İşte başvuru için benim tam paket AÇIKLAMA dosyasıdır: Josh O'Brien görüşlerine göre

Package: Causata 
Type: Package 
Title: Analysis utilities for binary classification and Causata users. 
Version: 5.0-1 
Date: 2014-10-09 
Author: Justin Hemann, David Barker, Suzanne Weller, Jason McFall 
Maintainer: Justin Hemann <[email protected]> 
Description: The Causata package provides utilities for 
    extracting data from the Causata application, training regression/classification 
    models, and exporting models as PMML for scoring. 
Depends: R (>= 2.15.1) 
Imports: XML, R.utils, rjson, RCurl, stringr, yaml, boot, foreach, data.table, glmnet, ggplot2, methods 
Suggests: knitr, doMC, testthat, pROC, RODBC, RMySQL 
VignetteBuilder: knitr 
License: GPL 
LazyLoad: yes 
URL: www.nice.com 
+0

Güncel CRAN sürüm v4.2-0 ile yeniden oluşturamıyorum. V5.0-1 için kaynak sağlamadınız, bu yüzden sizin v5.0-1'inizin veya başka bir şeyin bir sorunu olup olmadığını doğrulamamızın bir yolu yoktur. –

+1

@Yihui - Aynı problemi 'R-3.1.2',' knitr 1.7' çalıştıran 'Windows 7 Professional' üzerinde de var. Ne zaman alternatif bir VignetteBuilder olarak knitr kullanan bir paket inşa etmeye çalıştığımda, ben de aynı hata mesajı alırsınız: 'loadVignetteBuilder (vigns $ pkgdir) hatası: vignette builder 'knitr' bulunamadı [...]'. Örneğin, şimdi sadece ** knitrBootstrap ** paketi için kaynak kodu ile denedim. 'devtools :: build()' ve 'devtools :: install()' her ikisi de, 'tools :: buildVignettes (dir =". ", tangle = TRUE)' dır, fakat 'R CMD build knitrBootstrap' çalıştırılamıyor. Neyi yanlış yaptığımı, nerede rapor vereceğimi biliyor musun? –

+0

@ JoshO'Brien Lütfen sorunu yeniden oluşturmak için bana tam talimat verin. KnitrBootstrap kaynak paketinin hangi versiyonunu test edeceğimi bilmiyorum (CRAN? Github?). Knitr'i nereye kurdun? "R -e" .libPaths(); find.package ('knitr') "' nin çıktısı nedir? –

cevap

5

, ondan aynı sorun olabilir sanırım. Bazı özel kitaplık yolları eklemek istiyorsanız, ~/.Rprofile veya Rprofile.site'daki kitaplık yollarını tanımlamak yerine R_LIBS_USER ortam değişkenini kullanarak ~/.Renviron içinde yapmanızı öneririz. İkincisi R CMD build ve R CMD check tarafından göz ardı ediliyor gibi görünüyor.