Linux

Question

'da hem R hem de numpy kullanan C kodunu derlemek Cümlenin hem numpy hem de R'yi kullanan bazı C kodları var. Windows'da, MSVC'yi R'den dinamik olarak yüklenebilen ve tüm testleri geçebilen bir .dll ile derler. Bununla birlikte, Debian üzerinde çalışmayı başaramıyorum.

aşağıdaki minimal imsi örneğini oluşturdu sorunu araştırmak için:

#include <Python.h> 
#include <Rinternals.h> 
#include <numpy/arrayobject.h> 

SEXP main() { 
    Py_Initialize(); 
    import_array(); 

    SEXP one = PROTECT(allocVector(INTSXP, 1)); 
    INTEGER(one)[0] = 1; 
    npy_intp dims[1] = {1}; 
    int data[1] = {1}; 
    PyObject *another = PyArray_SimpleNewFromData(1, dims, NPY_INT, data); 

    Rprintf("Hello, %d ", INTEGER(one)[0] + *(int*)PyArray_DATA(another)); 
    PyRun_SimpleString("print('worlds')"); 

    UNPROTECT(1); 
    return one; 
} 

Ben Rdll.lib

pexports R.dll > R.exp 
link /lib /def:R.exp /machine:x64 /out:Rdll.lib 

ile %R_HOME%\bin\x64\R.dll oluşturuldu

cl /I "C:\Program Files\R\R-3.2.0\include" /I "C:\Python34\include" /I "C:\Python34\Lib\site-packages\numpy\core\include" /c hello.c 
link /dll /export:main hello.obj Rdll.lib C:/Python34/libs/python34.lib 

ile derlemek olabilir Sonra

o R kullanılabilir:

> dyn.load(paste0("hello", .Platform$dynlib.ext)) 
> .Call("main") 
Hello, 2 worlds 
[1] 1 

ancak,

gcc -shared -fPIC -I/usr/share/R/include -I/usr/include/python2.6 -lpython2.6 -L/usr/lib64/R/lib -lR hello.c -o hello.so 

ile Debian üzerinde derlemek ve şu olur R içe,:

> dyn.load("hello.so") 
> .Call("main") 
Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/__init__.py", line 132, in <module> 
    import add_newdocs 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module> 
    from lib import add_newdoc 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module> 
    from type_check import * 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module> 
    import numpy.core.numeric as _nx 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module> 
    import multiarray 
ImportError: /usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: _Py_ZeroStruct 

*** caught segfault *** 
address 0x4, cause 'memory not mapped' 

Numune ile ilgili her şey yorumlanmadığı sürece segmentasyon hataları üretir. R'den saf Python ile etkileşim iyi görünüyor. Ancak import_array() çağrıldığında, bir segfault var. -I/usr/share/pyshared/numpy/core/include/ çaresizliğini ekledim ve hiçbir şey değiştirmedi. Ben

gcc -I/usr/share/R/include -I/usr/include/python2.6 -lpython2.6 -L/usr/lib64/R/lib -lR hello.c -o hello 

ile aynı Debian makinede (önceki benzer, ama biraz değişti) Aşağıdaki kodu

#include <Python.h> 
#include <Rinternals.h> 
#include <numpy/arrayobject.h> 

int main() { 
    char *localArgs[] = {"R", "--silent"}; 
    Rf_initEmbeddedR(2, localArgs); 
    Py_Initialize(); 
    import_array(); 

    SEXP one = PROTECT(allocVector(INTSXP, 1)); 
    INTEGER(one)[0] = 1; 
    npy_intp dims[1] = {1}; 
    int data[1] = {1}; 
    PyObject *another = PyArray_SimpleNewFromData(1, dims, NPY_INT, data); 

    Rprintf("Hello, %d ", INTEGER(one)[0] + *(int*)PyArray_DATA(another)); 
    PyRun_SimpleString("print('worlds')"); 

    UNPROTECT(1); 
} 

derlemek eğer

Son olarak, ve

ile diyoruz

LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib R_HOME=/usr/lib64/R ./hello 

it aniden çökmez, iyi çalışır ve beklendiği gibi "Merhaba, 2 dünya" üretir.

sürümleri şunlardır: Pencereler: x64 için Derleyici Versiyon 19.00.23506, Python 3.4.4, numpy 1.9.3 R 3.2.0 Debian: gcc sürüm 4.4.5 (hedef: x68_64-linux-gnu) , Python 2.6.6, sayı 1.4.1, R 3.2.1

Neyi yanlış yapıyorum?

Güncelleme: Hem Python 3.2 hem de Python 2.7 ile hem gcc hem de clang ile Ubuntu üzerinde test edilmiştir. Sorun devam ediyor.

Answer 1

dlopen libpythonX.Y.so yüklemek için (gerçek kodla yanı sıra bu örnekle) çalışan bir çözüm: Neye ihtiyaç duyulduğunu

#include <Python.h> 
#include <Rinternals.h> 
#include <numpy/arrayobject.h> 

#ifndef _WIN32 
#include <dlfcn.h> 
#endif 

SEXP main() { 
#ifndef _WIN32 
    dlopen("libpython2.6.so", RTLD_NOW | RTLD_GLOBAL); 
#endif 
    Py_Initialize(); 
    import_array(); 

    SEXP one = PROTECT(allocVector(INTSXP, 1)); 
    INTEGER(one)[0] = 1; 
    npy_intp dims[1] = {1}; 
    int data[1] = {1}; 
    PyObject *another = PyArray_SimpleNewFromData(1, dims, NPY_INT, data); 

    Rprintf("Hello, %d ", INTEGER(one)[0] + *(int*)PyArray_DATA(another)); 
    PyRun_SimpleString("print('worlds')"); 

    UNPROTECT(1); 
    return one; 
} 

Ben, ancak, tam anlamıyorum .