İki farklı renk estetiği eşlemesi için farklı renk paletleri ggplot2 içinde

Question

Soruma çok this ve this ve this sorusuna benzer. Belirli bir renk paletini kullanarak bir faktör tarafından renklendirilmiş bir dağılım grafiğim (geom_point kullanarak) var. Ben başka bir faktörü tarafından gruplandırılmış, noktalar üzerinden belirli düzgünleştirme çizgileri çizmek için stat_smooth kullanıyorum. Bu hatların farklı bir renk paleti kullanmasını istiyorum.

İşte bir Dropbox link to some example data. Sadece o de yarar değişim bulabilir böylece

currDT <- read.table("SO_data", sep = "|", header = TRUE, strip.white = TRUE) 

Genellikle, bir data.table benim veri var. Oh ve işte şu anda kullandığım renk şeması, kendi oluşturmak için scale_colour_brewer kullanabilirsiniz, sadece bu tamlık için dahil ediyorum.

my_col_scheme <- c("#e41a1c", "#377eb8", "#4daf4a", "#984ea3", "#ff7f00", "#7B8A7B", 
    "#0B29D6", "#f781bf", "#999999", "black") 

Umarım bu yeterince açıktır. İşte bir örnek kod:

Bu nasıl ggplot2'de yapılabilir? Topladığım diğer sorulardan her çizgiyi manuel olarak belirtebilirim, ama bundan kaçınmak isterim.

Answer 1

Çizgiler ve noktalar için ayrı renk eşleştirmeleri, noktalar için doldurulmuş bir nokta işaretleyici kullanarak ve colour estetiği ile eşlenen çizgileri koruyarak, fill estetiği eşleştirerek alabilirsiniz. Dolgulu nokta işaretleyicileri 21'den 25'e kadar numaralandırılmış olanlardır (bakınız ?pch).İşte RichardErickson koduna @ adapte, bir örnek:

ggplot(currDT, aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) + 
    stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
       aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
       alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) + 
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"), 
         breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides")) + 
    geom_point(aes(fill = Anion, shape = Cation), size = 3, alpha = 0.4, colour="transparent") + 
    scale_colour_manual(values = c("blue", "red")) + 
    scale_fill_manual(values = my_col_scheme) + 
    scale_shape_manual(values=c(21,24)) + 
    guides(fill = guide_legend(override.aes = list(colour=my_col_scheme[1:8], 
               shape=15, size=3)), 
     shape = guide_legend(override.aes = list(shape=c(21,24), fill="black", size=3)), 
     colour = guide_legend(override.aes = list(linetype=c("dotdash", "F1"))), 
     linetype = FALSE) 

İşte yaptıklarım bir açıklama verilmiştir:

geom_point yılında

1. , fill için aesthestic colour değiştirin. Ayrıca, aes'un dışına colour="transparent" koyun. Bu noktaların etrafındaki sınırlardan kurtulacak. Bir kenarlık istiyorsanız, onu istediğiniz kenarlık rengine ayarlayın.
2. scale_colour_manual'da renkleri mavi ve kırmızı olarak ayarlıyorum, ancak elbette bunları istediğiniz gibi ayarlayabilirsiniz.
3. fill estetiğini kullanarak noktaların renklerini ayarlamak için scale_fill_manual'u ekleyin.
4. scale_shape_manual'u ekleyin ve değerleri 21 ve 24 olarak ayarlayın (sırasıyla dolu daireler ve üçgenler).
5. guides() içindeki tüm öğeler, efsaneyi değiştirmek içindir. Neden olduğundan emin değilim, ama bu geçersiz kılmalar olmadan, dolgu ve şekil için efsaneler boş. shape efsanesi içinnumaralı ayarı ayarladığımı, ancak gri olarak gösterildiğini unutmayın. Nedenini bilmiyorum ama fill="somecolor" olmadan shape açıklaması boştur. Son olarak, renk efsanesine linetype eklemek için colour10 efsanesini geçersiz kıldım, bu da gereksiz linetype efsanesinden kurtulmamı sağladı. Efsaneden hiç memnun değilim, ama özel makamlara gitmeden yapabileceğim en iyisiydi.

   NOT

: Ben ayrı kenarlıklı bir noktayı kullanmak ve dolgu renklerini bile color=NA olarak noktalar tamamen kaybolmasına yol açtığı (sürümüne ggplot2 2 cinsinden), color="transparent" için color=NA değiştirdi. pointing this out için @aosmith'e teşekkürler.

Answer 2

ggplot2 sanırım rengi iki kez değiştirmenize ve efsaneyi güncellemenize izin vermez. Okumayı hatırlıyorum, bir arsada iki kez scale_color_manual değiştiremezsiniz. Bu web sayfasını bulamadım, ancak konuyla ilgili bu post dokunur. Ayrıca bu post önerilerini kullanmayı denedim, ancak çalışmadı. Muhtemelen geoms'u karıştırmaya çalıştığımız için (bu sadece bir tahmindir).

Ya regresyon çizgileri renkli alabilirsiniz:

part1 <- 
    ggplot(currDT, 
      aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) + 
    stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
       aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
       alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) + 
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"), 
          breaks = c("hal", "non-hal"), 
          labels = c("Halides", "Non-Halides")) + 
    scale_color_manual(name = "", values = c("red", 'blue'), 
         labels = c("Halides", "Non-Halides")) 
    ggsave('part1.jpeg', part1) 

Veya veri noktaları çizmek için:

part2 <-   
    ggplot(currDT, 
      aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +  
    geom_point(aes(color = Anion, shape = Cation), size = 3, alpha = 0.4) + 
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"), 
          breaks = c("hal", "non-hal"), 
          labels =c("Halides", "Non-Halides")) + 
    scale_colour_manual(values = my_col_scheme) 
    ggsave('part2.jpeg', part2)      

Ama ikisini birden:

both <- 
    ggplot(currDT, 
      aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) + 
    stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
       aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
       alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) + 
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"), 
         breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides")) + 
    geom_point(aes(color = Anion, shape = Cation), size = 3, alpha = 0.4) + 
    scale_colour_manual(values = my_col_scheme)      
ggsave('both.jpeg', both) 

Her satır kılavuzunu eklemeniz gerekeceğini düşünüyorum. Umarım bir başkası buna nasıl cevap vereceğini bilir, ama ben de @hadley'nin her iki renge de değişmesine izin vermez. Neyse ki, data.table konum bu yüzden herkesten bu Umarım benim kısmi cevap çözmeye çalıştığı için

Yorum :-) yapmak kolay olmalı bu soruyu cevaplamak için yardımcı olur. Ayrıca, üçüncü rakam, ggplot2'un göstergesini OP'nin istediği şekilde doğru almadığını gösterir. Başka bir ipucu olarak, efsane seçenekleriyle oynamayı deneyebilirsiniz.