R paketini kullanarak fasta dosyalarını yazma seqinr? Ben seqinr içinde write.fasta kullandığınızda

Question

, bu çıkışı dosya şuna benzer:

başka deyişle

>Sequence name 1 

>Sequence name 2 

>Sequence name 3 
...etc 

Sequence 1 Sequence 2 Sequence 3 ...etc 

, dizi adları dosyasının başında hepsi ve daha sonra diziler çıkış birlikteyiz dosyanın sonunda.

>Sequence name 1 
Sequence 1 
>Sequence name 2 
Sequence 2 
>Sequence name 3 
Sequence 3 
...etc 

write.fasta ile olması mümkün mü:

Ne yapmak istiyorum bu nedir?

Answer 1

Aslında, her zaman doğru yolu buluyorum ve bana hiç benzemeyen bir problem yaşamadım. Bunu dene. Bu metin aşağıda

Kopya: "test.fasta" olarak kaydet

>seq1 
agctgtagtc 
>seq2 
agtctctctt 
>seq3 
atgtataaaa 

. Sonra R siz "write.my.dna.fasta" açarsanız

my.dna<-read.fasta("test.fasta") 
write.fasta(sequences=my.dna,names=names(my.dna),file.out="write.my.dna.fasta") 

Aşağıda sonra aşağıdaki elde edecek yapın:

>seq1 
agctgtagtc 
>seq2 
agtctctctt 
>seq3 
atgtataaaa 

Answer 2

Ben benzer bir sorun yaşıyordu. Yaptığım şey, dizileri içeren vektörü bir listeye dönüştürmek ve iyi çalıştı. örneğin

, write.fasta(as.list(seq),names,file)