Ensembl ID'yi R'deki gen sembolüne nasıl dönüştürebilirim?

Question

Bir sütunda Ensembl ID'leri içeren bir data.frame'im var; Bu sütunun değerleri için karşılık gelen gen sembollerini bulmak ve veri çerçevemde yeni bir sütuna eklemek istiyorum. bioMaRt kullandım ama Ensem kimlikleri bulamadı! İşte

benim örnek verileri ( df[1:2,]) 'dir:

row.names organism gene 
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357 
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378 

ve ben bu

row.names organism gene   id 
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357 CDKN3 
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378 HSPA8 

gibi bir şey almak istiyorum ve burada benim kodudur: Ben Sonra

library('biomaRt') 
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl")) 
genes <- df$genes 
df$id <- NA 
G_list <- getBM(filters= "ensembl_gene_id", attributes= c("ensembl_gene_id", 
"entrezgene", "description"),values=genes,mart= mart) 

G_list

'yi kontrol ettiğimde bunu al

[1] ensembl_gene_id entrezgene  description <0 rows> (or 0-length row.names) 

Yani benim df için G_list eklemek olamazdı! çünkü ekleyecek bir şey yok! Eğer gene sütunda sahip değerler gen kimlikleri olmayan Bunun nedeni Peşin

sayesinde

Answer 1

, bunlar peptid id (bunlar ENSP ile başlar) bulunmaktadır. İhtiyacınız bilgi almak için, ensembl_peptide_id tarafından ensembl_gene_id değiştirmeyi deneyin:

:

G_list <- getBM(filters= "ensembl_peptide_id", attributes= c("ensembl_peptide_id", "entrezgene", "description"),values=genes,mart= mart)

Ayrıca

, ne gerçekten aradığınız İşte hgnc_symbol

senin çıkışını almak için toplam koddur

library('biomaRt') 
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl")) 
genes <- df$genes 
df<-df[,-4] 
G_list <- getBM(filters= "ensembl_peptide_id", attributes= c("ensembl_peptide_id","hgnc_symbol"),values=genes,mart= mart) 
merge(df,G_list,by.x="gene",by.y="ensembl_peptide_id")