Her gen adı tekrar edildi ve 2 koşulları için değerleri içeren edildiği bir data.frame vardır: I halinde hesaplamak istiyorbir veri çerçevesi içinde ardışık sıra çiftlerinin betwen farkı hesapla - R
df <- data.frame(gene=c("A","A","B","B","C","C"),
condition=c("control","treatment","control","treatment","control","treatment"),
count=c(10, 2, 5, 8, 5, 1),
sd=c(1, 0.2, 0.1, 2, 0.8, 0.1))
gene condition count sd
1 A control 10 1.0
2 A treatment 2 0.2
3 B control 5 0.1
4 B treatment 8 2.0
5 C control 5 0.8
6 C treatment 1 0.1
orada tedaviden sonra "sayımda" bir artış veya azalmadır ve bunları işaretlemekte ve/veya alt gruplara ayırmaktadır. (Son sütun isteğe bağlıdır) o sonunda nasıl görünmesi gerektiği
for each unique(gene) do
if df[geneRow1,3]-df[geneRow2,3] > 0 then gene is "up"
else gene is "down"
Bu: O (sözde kod) 'dir
up-regulated
gene condition count sd regulation
B control 5 0.1 up
B treatment 8 2.0 up
down-regulated
gene condition count sd regulation
A control 10 1.0 down
A treatment 2 0.2 down
C control 5 0.8 down
C treatment 1 0.1 down
Ben oynarken dahil olmak üzere bu ile beynimi yan yatan edilmiştir ddply ve bir çözüm bulamadım - lütfen şanssız bir biyolog.
Şerefe.
Parlak, işe yaradı! Ben ddply cevabın bir parçası olabileceğini hissettim ama asla reg.fun ile geleceğini sanmıyorum. Şerefe. – fridaymeetssunday
Krespim Ve plyr'i data.table ile karşılaştıran bir grup çift satır grubunun [benchmark] (http://stackoverflow.com/revisions/11463757/3). –