Veri çerçevesindeki her bir çift sütunu R?

Question

bir amino asit yerlerinin bir veri çerçevesi vardır ve bu sitelerin her bir çift kombinasyonun yeni bir veri çerçevesi yaratmak istiyoruz. yani Açıkçası,

newdf<-cbind(paste(df[,1],df[,2],sep=""),paste(df[,1],df[,3],sep=""),(paste(df[,2],df[,3],sep=""))) 
newdf 
    [,1] [,2] [,3] 
[1,] "af" "ak" "fk" 
[2,] "bg" "bl" "gl" 
[3,] "ch" "cm" "hm" 
[4,] "di" "dn" "in" 
[5,] "ej" "eo" "jo" 

gerçek veri satır ve/veya sütun yüzlerce olabilir:

orijinal veri bu gibi bir şey olacaktır:

df<-cbind(letters[1:5], letters[6:10], letters[11:15]) 
df 
[,1] [,2] [,3] 
[1,] "a" "f" "k" 
[2,] "b" "g" "l" 
[3,] "c" "h" "m" 
[4,] "d" "i" "n" 
[5,] "e" "j" "o" 

Ya ben istiyorum bu Bunu yapmanın daha az manuel bir yoluna ihtiyacım var. Herhangi bir yardım çok takdir edilir, ben mütevazi bir biyologum ve bu alanda yetişen yeteneklerim oldukça sınırlı.

Answer 1

combn() ve apply() birleşimi size sırasız ikili kombinasyonların hepsi alacak:

df <- cbind(letters[1:5], letters[6:10], letters[11:15]) 

apply(X = combn(seq_len(ncol(df)), 2), 
     MAR = 2, 
     FUN = function(jj) { 
      apply(df[, jj], 1, paste, collapse="") 
     }  
) 
#  [,1] [,2] [,3] 
# [1,] "af" "ak" "fk" 
# [2,] "bg" "bl" "gl" 
# [3,] "ch" "cm" "hm" 
# [4,] "di" "dn" "in" 
# [5,] "ej" "eo" "jo" 

(yukarıda neler olduğunu hemen belli değil ise, hızlı bir göz atmak isteyebilirsiniz nesne combn(seq_len(ncol(df)), 2) tarafından döndürülen. Onun sütunlar n veri çerçevesinin sütun sayısını ise 1 ile n arasındaki tüm sırasız ikili kombinasyonları tamsayılar numaralandırmak.)

Answer 2

Seniçin FUN argüman kullanabilirsinizher kombinasyon sütunları birbirine yapıştırmak için:

combn(ncol(df),2,FUN=function(i) apply(df[,i],1,paste0,collapse="")) 

Answer 3

Josh ve Yuşa cevapları iyidir ama benim yaklaşım vermek düşündü

:

library(qdap) 

ind <- unique(t(apply(expand.grid(1:3, 1:3), 1, sort))) 
ind <- ind[ind[, 1] != ind[, 2], ] 
sapply(1:nrow(ind), function(i) paste2(df[, unlist(ind[i, ])], sep="")) 

:

Bu gerektirir paste2 işlevini kullanarak qdap varsion 1.1.0 indirirken

ind <- t(combn(seq_len(ncol(df)), 2)) 
sapply(1:nrow(ind), function(i) paste2(df[, unlist(ind[i, ])], sep="")) 

:

olsa bu çok daha okunabilir olacaktır yanıtlarına çalmaya

Answer 4

size orijinal data.frame sütunların yüzlerce demek olduğu göz önüne alındığında, yeni data.frame sütunların bir sürü alacak unutmayın: Orijinal veriler daha sonra, yeni n sütun içeriyorsa bir n içerecektir (n-1)/2 sütun -, bu karesel ölçekler.