GenomicÖzellikler Paket Kurulum Sorun

Basit bir kurulum sorusu ile çok kısa bir süre sonra tekrar geldiğim için özür dilerim, ancak bunu çözemem benim üretkenliğimi ciddi şekilde bozuyor. Her neyse, BC web sitesinin önerdiği gibi GenomicFeatures yüklemeyi denedim. GenomicÖzellikler Paket Kurulum Sorun

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures")

ben (birkaç uyarı mesajlarının ek olarak) aşağıdaki hata mesajları aldı

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

Yani bazı sanırım bağımlılıkları ile sorun, ama bunlar otomatik öncesinde GF yüklü olacağını garip görünüyor . 2.15.0 sürümünü kullanıyorum. Sorunun ne olabileceği konusunda bir ipucu var mı? Gerekirse daha fazla bilgi vermekten mutluluk duyarım. Teşekkürler.

kaynak

2012-06-10 mstrfrdmx

Bağımlılıklar *, paketin öncesinde otomatik olarak yüklenmesi gereken * değerlerdir. RCurl ve XML ile sorun yaşıyor gibi görünüyor. Bunları ayrı ayrı CRAN'dan yüklemeyi deneyin. install.packages (RCurl) 'vb. Bu bağımlılıklara sahip olduğumdan beri GF'yi başarıyla kurdum. – Maiasaura

Ayrıca, yukarıdaki önerimi uyguladıktan sonra sorun yaşamaya devam ederseniz, lütfen sorunuzu düzenleyin ve 'sessionInfo()' sonuçlarını ekleyin. – Maiasaura

İşletim sistemi kitaplıklarını libcurl ve libxml yüklemeniz gerekir. Kesin özellikler işletim sisteminize bağlıdır; benim için sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev' ve libxml2-dev. Bunlar yüklendikten sonra, 'biocLite' veya' install.packages' eşit derecede iyi çalışır. –

Martin Morgan'ın yorumlarda çalıştığına inandığım bir çözümü var. Bunu biraz detaylandırırım.

Hata mesajları, RCurl ve XML paketlerinin yüklü olması gerektiğini bildirmektedir. Bu paketlerin her ikisi de, sisteminizin üzerinde belirli geliştirme paketleri olmasını gerektirir. Linux'u kullanıyor gibi görünüyorsun. Debian tabanlı bir sistem (Debian, Ubuntu, Mint, ...) kullanıyorsanız, kurulum için RCurl için libcurl4-openssl-dev'u yüklemeniz ve XML'in yüklenebilmesi için libxml2-dev'u yüklemeniz gerekir. Gerekli paketleri ve herhangi bağımlılıkları yüklemek gerekir Yani

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

yazarak nispeten kolayca komut satırında gerçekleştirebilirsiniz. Sonra gerekli bağımlılıkları ve Bioconductor gelen GenomicFeatures yüklemek mümkün olmalıdır Bu noktada

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML")

içinden RCurl ve XML paketleri yüklemek gerekir. Windows'u kullananlar için

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures")

Sadece bir not - ancak RCurl alma ve XML mutlaka kolay değildir, Dr Brian Ripley his website de bu paketleri ikilileri sağlar ve orada oldukça kolay gelen indirebilirsiniz. Başlangıçta RCurl ve XML ile ilgili sorunlar olduğunu gördüğümde, gerçek hatalara bakana ve bir Linux kullanıcısı olduğunu fark edinceye kadar windows kullanıcısı olması gerektiğini düşündüm.

kaynak

2012-06-10 20:09:07 Dason

GenomicÖzellikler Paket Kurulum Sorun

cevap

İlgili konular