R - içeren bir işlevinin çağrılması optim

Question

denilen işlev içinde foreach% dopar% sorun Foreach% dopar Optim konstruktun bir hataya neden olur:%

> workers <- startWorkers(6) # 6 cores 
> 
> registerDoSMP(workers) 
> 
> t0 <- Sys.time() 
> 
> optim(w,maxProb2,control=list(fnscale=-1)) 
> 
> Error in { : task 1 failed - "unused argument(s) (isPrebuilt = TRUE)" 
> 
> Sys.time()-t0 
> 
> Time difference of 2.032 secs 
> 
> stopWorkers(workers) 

adlandırılan fonksiyonu gibi görünüyor:

> maxProb2 <- function(wp) { 
> 
> r <- foreach (i=s0:s1, .combine=c) %dopar% { pf(i,x[i,5],wp,isPrebuilt=TRUE) } 
> 
> cat("w=",wp,"max=",sum(r),"\n") 
> 
> sum(r) 
> 
> } 

pf, başka bir işlevdir, x, önceden hesaplanmış öğelerin statik bir tablosudur. işlevini çağırarak Ayrıca

sadece bir kez optimize aynı hataya neden olmak:

garip Ne

> workers <- startWorkers(6) # 6 cores 
> 
> Warning message: 
> In startWorkers(6) : there is an existing doSMP session using doSMP1 
> 
> registerDoSMP(workers) 
> 
> maxProb2(w) 
> Error in { : task 1 failed - "unused argument(s) (isPrebuilt = TRUE)" 
> 
> stopWorkers(workers) 

aynı kod tek bir zaman (Optim aynı işlevi calles birçok kez) doğrudan aradığında çalışıyor:

> workers <- startWorkers(6) # 6 - ilosc rdzeni 
> 
> Warning message: 
> In startWorkers(6) : there is an existing doSMP session using doSMP1 
> 
> registerDoSMP(workers) 
> 
> r <- foreach (i=s0:s1, .combine=c) %dopar% { pf(i,x[i,5],w,isPrebuilt=TRUE) } 
> 
> sum(r) 
> [1] 187.1781 
> 
> stopWorkers(workers) 

Çağrılan işlev (maxProb2),% dopar% yerine% do% kullanıldığında iyi çalışır.

Foreach% dopar% construction dahil olmak üzere bir işlevi nasıl doğru şekilde çağırabilirim?

GÜNCELLEME 2011-07-17:

Ben probf içine pf fonksiyonunu yeniden adlandırmış ama sorun olmaya devam etmektedir.

prob fonksiyonları bazı dış paketlerde değil betikte tanımlanmıştır.

İki not: İşletim Sistemi: Windows 7, IDE: Devrim Analitik Kurumsal 4,3

> workers <- startWorkers(workerCount = 3) 
> 
> registerDoSMP(workers) 
> 
> maxProb2(w) 
> 
Error in { : task 1 failed - "could not find function "probf"" 

Answer 1

[[Düzenlendi]]

Sizin pf fonksiyon ve "statik tablo" x tüm işçiye dağıtılmalıdır düğümler. Paralel kitaplığınızın belgelerinin nasıl çalıştığını okumalısınız.

Optim ile çalıştırdığınızda, bulduğu pf fonksiyonu (bir isPrebuilt argüman yoktur muhtemelen stats::pf,) başka bir olduğunu gibi görünüyor.

pf işlevini yeniden adlandırmayı deneyebilir misiniz (örneğin, mypf)?

mypf <- pf # renaming the function 

maxProb2 <- function(wp) { 
    r <- foreach (i=s0:s1, .combine=c) %dopar% { mypf(i,x[i,5],wp,isPrebuilt=TRUE) } 
    cat("w=",wp,"max=",sum(r),"\n") 
    sum(r) 
} 

Veya, pf işlevi ad (diyelim ki, mypackage), bunu şöyle başvuru olabilir ile bir paketin parçası ise: mypackage::pf

maxProb2 <- function(wp) { 
    r <- foreach (i=s0:s1, .combine=c) %dopar% { mypackage::pf(i,x[i,5],wp,isPrebuilt=TRUE) } 
    cat("w=",wp,"max=",sum(r),"\n") 
    sum(r) 
} 

Answer 2

Ben aynı sorun koştu bir Sorun, alt konulara dahil edilmeyen ortamdır.Sizin hata

Error in { : task 1 failed - "could not find function "simple_fn""

bu çok basit örnekle çoğaltılabilir:

simple_fn <- function(x) 
    x+1 

test_par <- function(){ 
    library("parallel") 
    no_cores <- detectCores() 
    library("foreach") 
    cl<-makeCluster(no_cores) 
    library("doSNOW") 
    registerDoSNOW(cl) 
    out <- foreach(i=1:10) %dopar% { 
     simple_fn(i) 
    } 

    stopCluster(cl) 
    return(out) 
} 

test_par() 

Şimdi tüm foreach(i=1:10, .export=c("simple_fn")) içine foreach(i=1:10) değiştirmektir için gerekir. Eğer tüm global ortamınızı dışa aktarmak istiyorsanız, o zaman sadece .export=ls(envir=globalenv()) yazınız ve daha iyisi ya da daha kötüsü olacaksınız. Bu Bunların eski sürümlerinde varolan R. Bug paralellik sorumludur StackOverflow'daki çeşitli iplikler de belirtildiği gibi

install.packages("doSNOW") 

install.packages("doParallel") 

install.packages("doMPI") 

: foreach% dopar% ile sorun için

Answer 3

Hızlı çözüm bu paketleri yeniden yüklemektir paketler kaldırıldı. Benim durumumda çalıştı. Bu paketleri projenizde/paketinizde kullanmamanıza rağmen büyük olasılıkla yardımcı olacağını belirtmeliyim.