2016-04-09 8 views
0

53 disli bir veri çerçevesi için bir glmm düzeltmeye çalışıyorum. 17 değişkenin Tüm değişkenler standartlaştırılmıştır, ancak normal dağılımı takip etmeyin ve eksik değerleri yoktur. Veri çerçevesinin str() öğesi aşağıdaki gibi bir şeydir.File'de glmer() ile arama hatası = gaussian (kimlik bağlantısı)

  • türleri: Faktör/19 seviyeleri "SPP1", "spp2 w", ..: 5 18 12 15 19 4 6 14 16 5 ...
  • ilişki: Faktör ağırlık/4 düzeyleri "assoA" , "assoB", ..: 1 1 2 2 2 3 3 4 4 1 ...
  • site: Faktör w/2 seviyeleri "site1", "site2": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2. ..
  • obs.no: int 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  • trait1: num 0.652 0.428 0.535 0.389 0.486 ...
  • trait2: num 0,135 0,16 0,134 0,142 0,159
  • (13 kırpılır trait3)

Bir ilişki sınıfları verilen özellik için siteler arasında önemliliği kontrol etmek için aşağıdaki kod yürütülür. Ve aşağıda verilen hatayı aldım. glmer olarak

(trait1 ~ dernek + site + (1 | türler), data = DF6: kısayol olarak çağıran glmer() ailesi = Gauss (kimlik link ile) (llmer kadar) itiraz edildi; arayınız llmer() doğrudan ı Gauss-Hermite parametreleri tahmin etmek. Bu hatayı ve Gauss-Hermite yürütmek için kod düzeltmek için herhangi bir öneri istiyorum Bundan sonra

çok çok teşekkür ederiz. aslında yayınlanmıştır

cevap

0

lmer kullanın, glmer değil:

model1 = lmer(trait1~association+site+(1|species), data=df6) 
+0

Çok teşekkürler – Gee

+0

Ama ben yardım hakkında merak ediyorum? Imer REML veya maksimum olabilirlik yoluyla, veri doğrusal bir karışık efekt modeli (LMM) uyar. ? glmer, bir genelleştirilmiş doğrusal karışık etkiler modeline (GLMM) uyar. Hem sabit etkiler hem de rastgele etkiler model formülü ile belirtilir. Bu aynı olabilir mi? – Gee