R: Herhangi bir dendrogram olmadan satır sıralı arsa elde etmek için hangi ısı haritası/görüntü?

Question

heatmap/image için hangi paket en iyi, yalnızca satırları sıraladığını gösterir, ancak herhangi bir dendrogram veya başka bir görsel dağınıklığı göstermez (her iki eksende otomatik olarak adlandırılmış etiketlere sahip bir 2D renkli kılavuz). Temel sayısal sıralamaların ötesinde fantezi kümelenmeye ihtiyacım yok. Veriler, görselleştirmek istediğim aralıktaki (0,0.21) bir 39x10 sayısal tablodur.

SO (bkz. this) ve R sitelerini araştırdım ve birkaçını denedim. Ekran görüntüleri ve ilgili paketlerin mükemmel bir aranabilir listesini görmek için R Graphical Manual göz atın.

Paket dizisi kafa karıştırıcı - hangisi tercih edilen ısı eşlemesidir (ggplot2 diğer bir çok çizimde olduğu gibi)? İşte ben bugüne kadar öğrendim şudur:

• base::image - kötü, eksenler üzerinde hiçbir isim etiketleri, hiçbir sıralama/kümeleme
• base::heatmap - seçenekler çok daha az anlaşılır daha şunlardır:
• pheatmap::pheatmap - fantastik ama dendrogramları kapatmak için görünmüyor olabilir? (Herhangi bir gardiyanlar?)
• ggplot2 people use geom_tile, as Andrie points out
• gplots::heatmap.2 , ref - gibi gelen ama overkill benim amaçlar için, biyoteknoloji insanlar tarafından tercih edilecek. (Hayır ilişki ggplot * veya Prof Wickham kadar)
• plotrix::color2D.matplot da

base::heatmap bile args heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) hala satırlarda istenmeyen dendrogramında çizer ile sinir bozucu bulunmaktadır.

Şimdilik ben pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) ve elle bu adam gibi, masamı ön düzenlemesine ile gidiyorum: Order of rows in heatmap?

Zeyilname: display a matrix, including the values, as a heatmap: bkz Her hücrenin içinde değeri görüntülemek için. Buna ihtiyacım yoktu ama olması güzel.

Answer 1

pheatmap ile seçenekleri treeheight_row ve treeheight_col kullanabilir ve 0.

Answer 2

Eğer

library(bipartite) 
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3) 
rownames(mat)<-c("a","b","c") 
colnames(mat)<-c("a","b","c") 
visweb(mat,type="nested")