Rownames tarafından birleştirme ya da birleştirme

Aşağıdaki örnekte iki veri kümem var (Z ve A). Bu setleri ILMN sayılarıyla birleştirmek veya birleştirmek istiyorum. Eşleşme yoksa, NA'yı doldurun.Rownames tarafından birleştirme ya da birleştirme

z <- matrix(c(0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,0,0,1,0,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,"RND1","WDR", "PLAC8","TYBSA","GRA","TAF"), nrow=6, 
    dimnames=list(c("ILMN_1651838","ILMN_1652371","ILMN_1652464","ILMN_1652952","ILMN_1653026","ILMN_1653103"),c("A","B","C","D","symbol"))) 

t<-matrix(c("GO:0002009", 8, 342, 1, 0.07, 0.679, 0, 0, 1, 0, 
     "GO:0030334", 6, 343, 1, 0.07, 0.065, 0, 0, 1, 0, 
     "GO:0015674", 7, 350, 1, 0.07, 0.065, 1, 0, 0, 0), nrow=10, dimnames= list(c("GO.ID","LEVEL","Annotated","Significant","Expected","resultFisher","ILMN_1652464","ILMN_1651838","ILMN_1711311","ILMN_1653026")))

sonuç böyle olacaktır:

   [,1]   [,2]   [,3]   [,4] 
GO.ID  "GO:0002009" "GO:0030334" "GO:0015674" NA 
LEVEL  "8"   "6"   "7"   NA 
Annotated "342"  "343"  "350"   NA 
Significant "1"   "1"   "1"   NA 
Expected  "0.07"  "0.07"  "0.07"  NA 
resultFisher "0.679"  "0.065"  "0.065"  NA 
ILMN_1652464 "0"   "0"   "1"   PLAC8 
ILMN_1651838 "0"   "0"   "0"   RND1 
ILMN_1711311 "1"   "1"   "0"   NA 
ILMN_1653026 "0"   "0"   "0"   GRA

kaynak

2011-05-17 Lisann

kullanın match sizin matris

cbind(t, z[, "symbol"][match(rownames(t), rownames(z))]) 

      [,1]   [,2]   [,3]   [,4] 
GO.ID  "GO:0002009" "GO:0030334" "GO:0015674" NA  
LEVEL  "8"   "6"   "7"   NA  
Annotated "342"  "343"  "350"  NA  
Significant "1"   "1"   "1"   NA  
Expected  "0.07"  "0.07"  "0.07"  NA  
resultFisher "0.679"  "0.065"  "0.065"  NA  
ILMN_1652464 "0"   "0"   "1"   "PLAC8" 
ILMN_1651838 "0"   "0"   "0"   "RND1" 
ILMN_1711311 "1"   "1"   "0"   NA  
ILMN_1653026 "0"   "0"   "0"   "GRA"

PS, sonra bunu cbind istediğiniz vektörü dönmek için. , t matrislerini aktarmak için kullanılan temel R işlevi olduğu konusunda uyarılırsınız. T olarak adlandırılan bir değişken oluşturarak, aşağı akış kodunuzda karışıklığa yol açabilir. yakın

kaynak

2011-05-17 11:00:53 Andrie

olarak rownames ile birden fazla kare bağlayabilir,

mbind<-function(...){ Reduce(function(x,y){cbind(x,y[match(row.names(x),row.names(y)),])}, list(...)) }

İşte jenerik fonksiyonu içine -Andrie cevabı sarabilirsiniz. Tek sorun, kodumun hizalı çıkışı vermemesi. Bunu sadece alırsam: z [, "sembol"] [eşleşme (rownames (t), rownames (z))] NA ve sembollerle bir faktör yaratılır, fakat cbindiğimde sembol numarası bir rondom değeriyle değiştirilir. . Bunun yanlış olduğunu bilen var mı? Teşekkürler – Lisann

Lütfen PS'nizdeki hatayı düzeltin. 'T' fonksiyonunun üzerine _not_. Kullanıcılar için karışıklık yaratıyorsunuz, ancak veri ve işlevler farklı yerlerde saklanıyor. Devam et, test et: t <- matris (1: 4, 2, 2); t (t) ... çalışır. –

Bu çözüm bir dış birleştirmede çalışıyor mu? –

Mükemmel değil ama:

newcol<-sapply(rownames(t), function(rn){z[match(rn, rownames(z)), 5]}) 
cbind(data.frame(t), newcol)

kaynak

2011-05-17 11:06:20

birleştirme kullanma ve tt gibi t vektörü (ANDRIE ait PS bakınız) yeniden adlandırma: Eğer dataframes yerine matrisleri ile çalışacak Şimdi eğer

merge(tt,z,by="row.names",all.x=TRUE)[,-(5:8)]

Bu bile çok daha kolay olacaktı:

z <- as.data.frame(z) 
tt <- as.data.frame(tt) 
merge(tt,z["symbol"],by="row.names",all.x=TRUE)

kaynak

2011-05-17 11:36:56

cbind.fill <- function(x, y){ 
    xrn <- rownames(x) 
    yrn <- rownames(y) 
    rn <- union(xrn, yrn) 
    xcn <- colnames(x) 
    ycn <- colnames(y) 
    if(is.null(xrn) | is.null(yrn) | is.null(xcn) | is.null(ycn)) 
    stop("NULL rownames or colnames") 
    z <- matrix(NA, nrow=length(rn), ncol=length(xcn)+length(ycn)) 
    rownames(z) <- rn 
    colnames(z) <- c(xcn, ycn) 
    idx <- match(rn, xrn) 
    z[!is.na(idx), 1:length(xcn)] <- x[na.omit(idx),] 
    idy <- match(rn, yrn) 
    z[!is.na(idy), length(xcn)+(1:length(ycn))] <- y[na.omit(idy),] 
    return(z) 
}

kaynak

2014-12-04 13:43:56

Eğer Cevabınız teşekkür ederim çok yararlıdır anahtar

kaynak

2017-01-03 10:23:43

Rownames tarafından birleştirme ya da birleştirme

cevap

İlgili konular