rpy2 kullanarak auto.arima nasıl çalıştırılır

Question

R'ın auto.arima işlevini Python'dan aramak istiyorum. Bu arayüzü henüz tam olarak anlamadım. Birisi bana burada yardımcı olabilir - R için bir zaman serisi obj göndermek, tahmin ilgili fonksiyonları aramak ve sonuçları geri almak?

Bu şimdiye kadar yapmış budur:

from rpy2.robjects import r 
from rpy2.robjects import pandas2ri 

#create a python time series 
count = range(1, 51) 
df['count'] = count 
df['date'] = pd.date_range('2016-01-01', '2016-02-19') 
df.set_index('date', inlace = True) 
df.sort_index(inplace = True) 

pandas2ri.activate() 
r_timeseries = pandas2ri.py2ri(df) 
r('fit <- auto.arima(r_timeseries)') 

ben (tahmini gibi) bazı R paketleri almak zorunda düşünüyorum. Ben

In [83]: x = r('forecast(r_ts)') 
/Library/Python/2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.py:106: UserWarning: Error in forecast(r_ts) : object 'r_ts' not found 

    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs) 
--------------------------------------------------------------------------- 
RRuntimeError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-83-0765ffc30741> in <module>() 
----> 1 x = r('forecast(r_ts)') 

/Library/Python/2.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.pyc in __call__(self, string) 
    319  def __call__(self, string): 
    320   p = _rparse(text=StrSexpVector((string,))) 
--> 321   res = self.eval(p) 
    322   return conversion.ri2py(res) 
    323 

/Library/Python/2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs) 
    176     v = kwargs.pop(k) 
    177     kwargs[r_k] = v 
--> 178   return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs) 
    179 
    180 pattern_link = re.compile(r'\\link\{(.+?)\}') 

/Library/Python/2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs) 
    104   for k, v in kwargs.items(): 
    105    new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v) 
--> 106   res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs) 
    107   res = conversion.ri2ro(res) 
    108   return res 

RRuntimeError: Error in forecast(r_ts) : object 'r_ts' not found 

denedim

yanı aşağıdaki tahmini çağrı çalıştıklarında değil Python bunu yaparken gitmek nasıl emin, düzgün, vb R

In [63]: r_ts = pandas2ri.py2ri(df) 

In [64]: r_ts 
Out[64]: 
<DataFrame - Python:0x1126a93f8/R:0x7ff7bfa51bc8> 
[IntVector] 
    X0: <class 'rpy2.robjects.vectors.IntVector'> 
    <IntVector - Python:0x1126a96c8/R:0x7ff7be1af1c0> 
[  1,  2,  3, ...,  48,  49,  50] 

piton zaman serisi nesnesini iletin Ve :

Eğer R o (isim r_ts Python ad alanında tanımlanır) hakkında çok fazla artık yok olduğunu değişken r_ts kullanmak anlatıyorsun ilk girişimde

In [99]: f = r('forecast.auto.arima(r_ts)') 
--------------------------------------------------------------------------- 
RRuntimeError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-99-1c4610d2740d> in <module>() 
----> 1 f = r('forecast.auto.arima(r_ts)') 

/Library/Python/2.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.pyc in __call__(self, string) 
    319  def __call__(self, string): 
    320   p = _rparse(text=StrSexpVector((string,))) 
--> 321   res = self.eval(p) 
    322   return conversion.ri2py(res) 
    323 

/Library/Python/2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs) 
    176     v = kwargs.pop(k) 
    177     kwargs[r_k] = v 
--> 178   return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs) 
    179 
    180 pattern_link = re.compile(r'\\link\{(.+?)\}') 

/Library/Python/2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs) 
    104   for k, v in kwargs.items(): 
    105    new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v) 
--> 106   res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs) 
    107   res = conversion.ri2ro(res) 
    108   return res 

RRuntimeError: Error in eval(expr, envir, enclos) : 
    could not find function "forecast.auto.arima" 

Answer 1

ben

import rpy2.robjects as ro 
from rpy2.robjects import pandas2ri 
pandas2ri.activate() 

ro.r('library(forecast)') 

rdf = pandas2ri.py2ri(df) 
ro.globalenv['r_timeseries'] = rdf 
pred = ro.r('as.data.frame(forecast(auto.arima(r_timeseries),h=5))') 

bu şekilde ne deneyebilirsiniz, bu

Point Forecast Lo 80 Hi 80 Lo 95 Hi 95 
51    51  51  51  51  51 
52    52  52  52  52  52 
53    53  53  53  53  53 
54    54  54  54  54  54 
55    55  55  55  55  55 

gibi bir veri çerçevesi gibi pred işleyebilir:

İlk girişim olarak yeniden yazılabilir

Answer 2

, ve ikinci denemede buna bir fonksiyon ismi eklenir, R bir şey bilmiyordur. Her iki hata mesajı da bunu bir sorun olarak bildiriyor.

x = r('forecast')(r_ts)