R 3.0.0 güncellemesi, uyumlu olmayan 2.x paketlerin soluna sahip

Ubuntu 10.04 üzerinde Bu sabah R (ubuntu) paketlerinin bir yükünü güncelledim. Sonra denedim ilk R betiği bana hayvanat bahçesinin R 3.0.0 için yapılmadığını söyledi. Bu yüzden, son birkaç yıldır kurduğum tüm CRAN paketlerini eşitlemek için sudo R ve update.packages(ask=F) yapıyorum.R 3.0.0 güncellemesi, uyumlu olmayan 2.x paketlerin soluna sahip

Fakat yapmadı ve hayvanat bahçesi, Rcpp ve daha fazlası işe yaramıyor. Aslında kurulu paketlerimin yarısından fazlası hala 2.x.x için üretildi; liste aşağıda (x=installed.packages();x[sort.list(x[,'Built']),c('Built','Version','Depends','LinkingTo','NeedsCompilation')])

Bu zor mu, tüm paketler 3.0.0 için hazır değil ve ben (Ubuntu'da) önceki sürüme dönmeli miyim? Yoksa 3.x.x için farklı bir CRAN sitesi kullanmam gerekiyor mu? Tüm 2.x paketlerini silip yeniden kuruyor musunuz? Ya da ... yerine update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE) aşağıdaki update.packages(ask=F) ama:

    Built Version  Depends               LinkingTo    NeedsCompilation 
Defaults   "2.13.1" "1.1-1"  NA                 NA     NA    
itertools   "2.13.1" "0.1-1"  "R (>= 2.5.0), iterators(>= 1.0.0)"        NA     NA    
openNLP    "2.13.1" "0.0-8"  NA                 NA     NA    
reshape    "2.13.1" "0.8.4"  "R (>= 2.6.1), plyr"            NA     NA    
RUnit    "2.13.1" "0.4.26" "R (>= 2.5.0), utils (>= 2.5.0), methods (>= 2.5.0)"    NA     NA    
multicore   "2.14.1" "0.1-7"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
RMySQL    "2.15.0" "0.9-3"  "R (>= 2.8.0), methods, DBI (>= 0.2-2), utils"      NA     NA    
foreach    "2.15.1" "1.4.0"  "R (>= 2.5.0)"              NA     NA    
iterators   "2.15.1" "1.0.6"  "R (>= 2.5.0), utils"            NA     NA    
labeling   "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
memoise    "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
RColorBrewer  "2.15.1" "1.0-5"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
bitops    "2.15.2" "1.0-5"  NA                 NA     NA    
e1071    "2.15.2" "1.6-1"  "class"               NA     NA    
IBrokers   "2.15.2" "0.9-10" "xts"                NA     NA    
mgcv    "2.15.2" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
munsell    "2.15.2" "0.4"  NA                 NA     NA    
randomForest  "2.15.2" "4.6-7"  "R (>= 2.5.0), stats"            NA     NA    
rbenchmark   "2.15.2" "1.0.0"  NA                 NA     NA    
tree    "2.15.2" "1.0-33" "R (>= 2.15.0), grDevices, graphics, stats"      NA     NA    
tseries    "2.15.2" "0.10-30" "R (>= 2.10.0)"             NA     NA    
zoo     "2.15.2" "1.7-9"  "R (>= 2.10.0), stats"            NA     NA    
Cairo    "2.15.3" "1.5-2"  "R (>= 2.4.0)"              NA     NA    
dichromat   "2.15.3" "2.0-0"  "R (>= 2.10), stats"            NA     NA    
digest    "2.15.3" "0.6.3"  "R (>= 2.4.1)"              NA     "yes"    
doMC    "2.15.3" "1.3.0"  "R (>= 2.14.0), foreach(>= 1.2.0), iterators(>= 1.0.0),\nparallel" NA     "no"    
FastRWeb   "2.15.3" "1.1-0"  "R (>= 2.0.0), Cairo"            NA     NA    
forecast   "2.15.3" "4.03"  "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         "Rcpp, RcppArmadillo" "yes"    
fracdiff   "2.15.3" "1.4-2"  NA                 NA     NA    
ggplot2    "2.15.3" "0.9.3.1" "R (>= 2.14), stats, methods"          NA     "no"    
gtable    "2.15.3" "0.1.2"  "R (>= 2.14), grid"            NA     NA    
inline    "2.15.3" "0.3.11" "R (>= 2.4.0), methods"           NA     "no"    
microbenchmark  "2.15.3" "1.3-0"  NA                 NA     "yes"    
nnet    "2.15.3" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
PerformanceAnalytics"2.15.3" "1.1.0"  "R (>= 2.14.0), zoo, xts (>= 0.8-9)"        NA     NA    
plyr    "2.15.3" "1.8"  "R (>= 2.11.0)"             NA     NA    
proto    "2.15.3" "0.3-10" NA                 NA     NA    
quantmod   "2.15.3" "0.4-0"  "Defaults, xts(>= 0.9-0), zoo, TTR(>= 0.2), methods"    NA     NA    
Rcpp    "2.15.3" "0.10.3" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
RcppArmadillo  "2.15.3" "0.3.800.1" "R (>= 2.14.0), Rcpp (>= 0.10.2)"         "Rcpp"    "yes"    
RCurl    "2.15.3" "1.95-4.1" "R (>= 2.7.0), methods, bitops"         NA     "yes"    
reshape2   "2.15.3" "1.2.2"  NA                 NA     NA    
RInside    "2.15.3" "0.2.10" "R (>= 2.10.0), Rcpp (>= 0.8.5)"         "Rcpp"    NA    
rJava    "2.15.3" "0.9-4"  "R (>= 2.5.0), methods"           NA     "yes"    
rjson    "2.15.3" "0.2.12" "R (>= 2.12.0)"             NA     NA    
Rserve    "2.15.3" "1.7-0"  "R (>= 1.5.0)"              NA     NA    
RWeka    "2.15.3" "0.4-16" "R (>= 2.6.0)"              NA     "no"    
RWekajars   "2.15.3" "3.7.9-1" NA                 NA     "no"    
scales    "2.15.3" "0.2.3"  "R (>= 2.12), methods"            NA     NA    
slam    "2.15.3" "0.1-28" "R (>= 2.8.0)"              NA     NA    
stringr    "2.15.3" "0.6.2"  "R (>= 2.14)"              NA     NA    
tm     "2.15.3" "0.5-8.3" "R (>= 2.14.0), methods"           NA     NA    
TTR     "2.15.3" "0.22-0" "xts (>= 0.9-3)"             "xts"     "yes"    
XML     "2.15.3" "3.96-1.1" "R (>= 1.2.0), methods, utils"          NA     "yes"    
xts     "2.15.3" "0.9-3"  "zoo (>= 1.7-2)"             "zoo (>= 1.7.2)"  NA    
xtsExtra   "2.15.3" "0.0-1"  "zoo, xts"               NA     NA    
colorspace   "3.0.0" "1.2-2"  "R (>= 2.13.0), methods"           NA     "yes"    
DBI     "3.0.0" "0.2-7"  "R (>= 2.15.0), methods"           NA     "no"    
Hmisc    "3.0.0" "3.10-1.1" "R (>= 2.4.0), methods, survival"         NA     "yes"    
quadprog   "3.0.0" "1.5-5"  "R (>= 2.15.0)"             NA     "yes"    
RSQLite    "3.0.0" "0.11.3" "R (>= 2.10.0), methods, DBI (>= 0.2-5)"       NA     "yes"    
base    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
boot    "3.0.0" "1.3-9"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats"         NA     NA    
class    "3.0.0" "7.3-7"  "R (>= 3.0.0), stats, utils"          NA     "yes"    
cluster    "3.0.0" "1.14.4" "R (>= 2.10.0), stats, graphics, utils"       NA     "yes"    
codetools   "3.0.0" "0.2-8"  "R (>= 2.1)"              NA     NA    
compiler   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
datasets   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
foreign    "3.0.0" "0.8-53" "R (>= 2.14.0), stats"            NA     "yes"    
graphics   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grDevices   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grid    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
KernSmooth   "3.0.0" "2.23-10" "R (>= 2.5.0), stats"            NA     "yes"    
lattice    "3.0.0" "0.20-15" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
MASS    "3.0.0" "7.3-26" "R (>= 3.0.0), grDevices, graphics, stats, utils"     NA     "yes"    
Matrix    "3.0.0" "1.0-12" "R (>= 2.15.0), stats, methods, utils, lattice"     NA     "yes"    
methods    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
mgcv    "3.0.0" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
nlme    "3.0.0" "3.1-109" "graphics, stats, R (>= 3.0.0)"         NA     NA    
nnet    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
parallel   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
rpart    "3.0.0" "4.1-1"  "R (>= 2.14.0), graphics, stats, grDevices"      NA     "yes"    
spatial    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats, utils"        NA     NA    
splines    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats4    "3.0.0" "3.0.0"  "methods, graphics, stats"           NA     NA    
survival   "3.0.0" "2.37-4" "stats, utils, graphics, splines, R (>= 2.13.0)"     NA     "yes"    
tcltk    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
tools    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
utils    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA

kaynak

2013-05-12 Darren Cook

BTW Rcpp bağlıdır CRAN 110 paketleri vardır ve bunlar R 2.15 ile bütün işler * _and_ R 3.0.0 ama düzgün almak gerekir. Sonunda şeylerin bakımı. –

Bir kenara göre: 'sudo'yu kullanmak büyük bir fikir değildir; Kendinizi kütüphane dizini sahibi olan grubun bir üyesi yapmak daha iyi olurdu. – GSee

Sütunlarınızdan birkaçından kurtulmak isteyebilirsiniz, böylece önemli sütun (en sağdaki) bulmak daha kolay olur (kaydırmaya gerek yoktur). Bu yazıya ilk baktığımda onu özledim. –

gerekli komut niye bu devlet değilolduğunu.

Bunu deneyin, ve hala mevcut olan ve mevcut tüm CRAN paketleri elbette halledilecektir. Github, Simon'ın rforge, r-forge veya diğer rasgele repo'lardan yüklediğiniz şeyler manuel yardıma ihtiyaç duyacaktır.

Bu sorun, R 3.0.0'ın ortaya çıkmasından bu yana çeşitli mekanlarda tartışılmıştır.

kaynak

2013-05-12 02:18:47

Teşekkürler Dirk, bu düzeltildi. Şimdi StackOverflow üzerinde de tartışıldığı için çok memnun olacaksınız - size bir sürü rep kazandıracak ;-) –

Sadece açıklama için; Şimdi Debian/Ubuntu r-cran apt paketlerinin geride kaldığı ve texlive gibi her şeyi berbat edeceği bir durumda mıyız? Bu çözümlerin hiçbirini işe yaramayacak gibi görünmüyorum, bu yüzden her şeyi kaldırıyorum ve r-base'den başlıyorum. –

@TrevorAlexander: Bu bir cevapsız soru. Hangi dağıtım? Hangi versiyon? Sorununuz nedir? Burada 18 aylık bir soruyu ele geçirmek yerine, r-sig-debian listesine (Ubuntu için hangi sunucularda) somut ve tekrarlanabilir bir şey sorun. –

Dirk'ün cevabı, beni en çok R-Forge'dan yüklenmiş olan xtsExtra ile bıraktı. Bazı CRAN paketlerini R-Forge sürümleriyle güncellemek için update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE, repos="http://R-Forge.R-project.org") karşı öneririm; Bu daha deneysel sürümleri (?) yükler anlamına gelebilir.

Yani, bunun yerine yaptı:

remove.packages('xtsExtra') 
install.packages("xtsExtra", repos="http://R-Forge.R-project.org")

kaynak

2013-05-12 06:20:51

[Bu yazı] 'yı gördünüz mü (http://stackoverflow.com/questions/3971815/automagically-update-packages-installed-from-r-forge)? – GSee

Teşekkürler @Gsee. Bu ilginçti, daha basit bir yol olmadığını göstermek için. Aslında, daha basit bir yolu var: cevabımı gör ;-) –

Takip etmiyorum. R-Forge'dan güncellemek istediğiniz tüm paketleri kaldırmak ve daha sonra yeniden yüklemek mi istiyorsunuz? – GSee

R 3.0.0 güncellemesi, uyumlu olmayan 2.x paketlerin soluna sahip

cevap

İlgili konular