MATLAB'da büyük bitişik matrisleri kenar listelerine dönüştürmenin etkili yolu?

Question

Ben büyük seyrek bitişiklik matrisleri ben MATLAB ile işliyorum etrafında 1M düğümler ile var. Bu matrisleri ağ kenarı listelerine mümkün olduğunca verimli şekilde dönüştürmek istiyorum. Bu gösteren bir örnek komşuluk matrisi gibi:

 
>> adj2edgeList_Alex(adj) 
ans = 
    0  0 
    0  2 
    1  2 
    1  3 
    2  2 
    3  1 

Ben zamandır tezgahları yapmak zorunda Bu kod:

 
adj = 
    1  0  1  0 
    0  0  1  1 
    0  0  1  0 
    0  1  0  0 

Ve çıkış Ben burada bir ağ kenar listesi diyoruz.

 
function edge_list = adj2edgeList_Alex(graph) 

edge_num = length(logical(graph > 0)); 
edge_list = zeros(edge_num,2); 
row_ind = 1; 
for ii=1:size(graph,2) 
    ind_temp = find(graph(ii,:)==1); 
    if(isempty(ind_temp) == 0) 
     ind_temp = ind_temp - 1; 
     edges_iter = length(ind_temp); 
     node_num = ii - 1; 
     edge_list(row_ind:row_ind+edges_iter-1,:) = ... 
      [(node_num)*ones(1,edges_iter);ind_temp]'; 
      row_ind = row_ind + edges_iter; 
    end 
end 

Bunu hızlandırmak için bir değişiklik var mı? Daha iyi performans gösterebilen başka bir işlev veya araç kutusu?

Answer 1

Sen find() kullanabilirsiniz: MATLAB indeksleri 1 0 değil, fakat sadece edges-1 tarafından rebase bu

[r,c] = find(adj) 
edges = [r,c]; 

Not.