Python dosyasında Cython sınıfını içe aktarma Pycharm

Question

Derlenmiş bir cython dosyasını pycharm python dosyasında nasıl içe aktarılır?

İşte benim kurulumum.

Proje kök dizinimden, cython sınıfı "/classes/knn.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so" şeklindedir. Benim python dosyam "/classes/testing_cython_knn.py."

ben ... "/ sınıfları /" bir "__init __.py" dosyası var

---

Ancak pycharm ben alabileceğiniz bir dosya olarak ".bu" dosyasını tanımıyor. Bu dosyayı içe aktarılabilir yapmak için ne yapmam gerekiyor, bu yüzden test edebilirim?

---

Şu anda, başarıyla derlenmiş ve düzenli terminal tabanlı python "helloworld.so" dosyasını ithal var ... Ancak, ben tanımlanan fonksiyon pythonic işlev ... hiçbir C-şeyler oldu.

Benim Cythonic dosyasıdır:

import numpy as np 
cimport numpy as np 


from scipy.stats import mode 
from scipy.spatial.distance import cdist 
from threading import Thread 



cdef class KNN: 
    cdef public int k 
    cdef public str metric 
    cdef public np.ndarray trainingX 
    cdef public np.ndarray trainingY 
    cdef public np.ndarray predict(self,np.ndarray X): 
     cdef np.ndarray distances,predicted_classes,sorted_distance_indices 

     distances = cdist(X,self.trainingX,metric=self.metric) 
     predicted_classes = np.zeros(X.shape[0],dtype=np.float64) 
     sorted_distance_indices = np.argpartition(distances,self.k,axis=1)[:,:self.k] 
     predicted_classes,_ = mode(self.trainingY[sorted_distance_indices]) 
     return predicted_classes 

Ve setup.py:

Dynamic module does not define module export function (PyInit_knn)

:

from distutils.core import setup 
from distutils.extension import Extension 
from Cython.Build import cythonize 
import numpy 


extensions = [ 
    Extension("knn",["cKNN.pyx"]), 
    Extension("*",["*.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])] 

setup(ext_modules = cythonize(extensions),include_dirs=[numpy.get_include()]) 

Şu anda, bu bir ithalat Hata ile terminalde çalışan piton için ithalat başarısız

Answer 1

Fark ettiğim ilk şey, uzantınızı yeniden adlandırmanızdır. Cython için, uzantının adı, derlenecek dosyanın adıyla uyuşmalıdır. Yani iki uzantıları ilan edilir

Dynamic module does not define module export function (PyInit_knn)

İkinci düzeltmek gerekir, ancak sadece bir dosya var (wich Numpy ihtiyacı) böylece tüm .pyx ait (tamamen * alacak bakımı birinci uzantıyı kaldırmak gerekir ya klasördeki dosyaları) veya ikinci kaldırıp birinci uzantısı 'include_dirs' direktifini entegre, bu nedenle sizin uzantıları listesini değiştirmelisiniz: Eğer .bu taşırsanız --inplace kullanırsanız

extensions = [ 
    Extension("cKNN",["cKNN.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])] 

veya Doğru yere dosya, ithal edilecektir. Pycharm'ın orada yapacak hiçbir şeyi yoktur, hepsi Cpython'a bağlıdır, ancak, setup.py'inizde yolları doğru şekilde ayarlamak konusunda dikkatli olmalısınız. projenizin klasör yapısı gibi ise:/içeride (.bu veya .pyd)

extensions = [ 
     Extension("knnextension/classes/cKNN",["knnextension/classes/cKNN.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])] 

paylaşılan kitaplık dosyası (--inplace kullanarak) görünecektir:

- knnProject (this opens in Pycharm) 
- - knnextension 
- - - classes 
- - - - __init__.py 
- - - - cKNN.pyx 
- - - __init__.py (this is required to do module import from /classes) 
- - setup.py 
- - test.py 

Uzantınız demeliyim sınıflar. test.py dan sonra

from .cKNN import KNN 

ve: classes/__init__.py dosyada ile sınıfını içe olabilir

from knnextension.classes import KNN 

Kontrol diğer çalışma Cython uzantıları, like my own, yapı olabilir görmek için (yani bir tane çok Numpy kullanır).