iPython defterinde argparse ile yazılmış modül nasıl çağrılır?

Question

iPython'un dizüstü ortamında BioPython dizilerini Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm'a aktarmaya çalışıyorum. Argparse bileşeni üzerinde tökezliyorum.

Daha önce asla argparse ile uğraşmak zorunda kalmadım. Bunu ana() yeniden yazmadan nasıl kullanabilirim?

Tarafından, this writeup of Ukkonen's algorithm is fantastic.

Answer 1

a similar problem before,, ancak argparse yerine optparse kullanıyorum.

Sadece şöyle sys.argv için yeni bir liste atamak, orijinal senaryoda herhangi bir değişiklik gerekmez:

if __name__ == "__main__": 
    from Bio import SeqIO 
    path = '/path/to/sequences.txt' 
    sequences = [str(record.seq) for record in SeqIO.parse(path, 'fasta')] 
    sys.argv = ['-f'] + sequences 
    main() 

Answer 2

Dizileri ayıklamak ve sonra da Argparse yöntemlerini kaldırmak için Ilya Steanov'un uygulamasını düzenlemek için BioPython kullanarak sona erdim.

import imp 
seqs = [] 
lcsm = imp.load_source('lcsm', '/path/to/ukkonen.py') 
for record in SeqIO.parse('/path/to/sequences.txt', 'fasta'): 
    seqs.append(record) 
lcsm.main(seqs) 

algoritması için, ben main() bir argüman, onun strings değişkeni almak vardı, ama bu algoritmasını yeniden modülü sevmez özel BioPython Sequence objects bir listesini gönderir. Yani ben tür kırılgan görünüyor

suffix_tree.append_string(str(s.seq)) 

için sıra dizesi

suffix_tree.append_string(s) 

ayıklamak zorunda kaldı, ama ben şimdilik bir tek bu var.

Answer 3

ipython defterlerde argparse kullanmak alternatif bir dize geçiyor:

args = parser.parse_args() (. Eğer başvurulan git repo satır 303)

olurdu gibi bir şey:

parser = argparse.ArgumentParser(
     description='Searching longest common substring. ' 
        'Uses Ukkonen\'s suffix tree algorithm and generalized suffix tree. ' 
        'Written by Ilya Stepanov (c) 2013') 

parser.add_argument(
     'strings', 
     metavar='STRING', 
     nargs='*', 
     help='String for searching', 
    ) 

parser.add_argument(
     '-f', 
     '--file', 
     help='Path for input file. First line should contain number of lines to search in' 
    ) 

ve

args = parser.parse_args("AAA --file /path/to/sequences.txt".split())

Düzenleme: Hızlı bir kukla çözüm olabilir sonra sınıf biçime argparse dönüştüren test için IPython kullanırsanız O

Answer 4

çalışır.

#!/usr/bin/env python 

from __future__ import print_function 
import sys 

def transform(): 
    if len(sys.argv) <2: 
     print('Usage : python arg2cls.py [target.py] [target2.py(optional)] ...') 
     sys.exit(0) 

    sys.argv.pop(0) 
    for fname in sys.argv: 
     if(__name__!='__main__'): 
      print(fname) 
     try : 
      with open(fname, 'r') as f: 
       txt = f.read() 
       t = txt.split('argparse.ArgumentParser') 
       if len(t) <2: 
        print('Nothing to make from file.') 
        sys.exit(0) 

       t = t[1].split('.parse_args')[0].split('add_argument') 
       t.pop(0) 

       name=[] 
       val=[] 
       for i, x in enumerate(t): 
        t =x.split('--')[1] 
        name.append(t.split('\'')[0].replace('-','_')) 
        dtype = '' 
        if('type' in t): 
         dtype = t.split('type=')[1].split(',')[0] 

        dfult = t.split('default=') 
        if len(dfult) <2: 
         val.append('###manual_setting_required###') 
        elif (dtype in ['int','float','long']): 
         val.append(dfult[1].split(',')[0].replace('\'','')) 
        else: 
         val.append(dfult[1].split(',')[0]) 

       print('') 
       print('class args:') 
       for i in zip(name,val): 
        print(' ',end='') 
        print(i[0],'=',i[1].replace('\"','')) 
       print('') 

     except IOError: 
      print('IOError : Maybe no such file.', fname) 

if(__name__ == "__main__"): 
    transform() 

Bu betik argparse modülünü sınıf biçimine dönüştürür, böylece diğer iç kodları düzenlemeniz gerekmez. Yürütme örnek:

python this_script.py target.py 

o zaman argparse yerine & macun sınıf biçimi kopyalayın. https://github.com/sngjuk/Argparse-to-class Bu repo ayrıca Çevrimiçi hızlı dönüşüm sunuyor. Umarım test için faydalı olur.