Yüklemeyi kaldır (kaldır) Bağımlılıkları olan R paket

Question

Yeni bir paket denemek istedim. Onu yükledim, çok fazla bağımlılık gerektiriyordu, bu yüzden birçok paket kurdu. Denedim ve etkilenmedim - şimdi tüm bağımlılıkları da içeren bu paketi kaldırmak istiyorum!

Sistemde herhangi bir paket tarafından gerek duyulmayan tüm bağımlılıkları içeren belirli paketleri kaldırmak için herhangi bir yolu var mı?

?remove.packages'a baktım ama bunu yapmak için seçenek yok.

Answer 1

Bunu işlemek için base R yolları var, ancak bir paket önereceğim (bunlardan kurtulmaya çalıştığınızı biliyorum). Bu paketi 2 nedenden ötürü tavsiye ediyorum (1) & (2) Dason K. 'ya sahip olduğunuz iki problemi çözüyor ve bu paketi geliştiriyoruz (tam açıklama). Bu paketin değeri, fonksiyonların tutarlı olan isimleri hatırlamanın daha kolay olduğu anlamına gelmektedir. Aynı zamanda bazı kombine operasyonlar yapar. Tüm bunları üssünde yapabileceğinizi unutmayın, ancak bu soru zaten oldukça yerelleştirilmiştir, bu yüzden daha kolay yanıt veren bir araç kullanacağım.

Bu paket yapacaktır:

1. Eğer
ana kütüphaneden yerine geçici bir dizinde paketleri yüklemesine izin paketi ve bağımlılıkları silmenize izin

uyarı 'olduğunu yapabilirsiniz olduğunu Daha önce kullanıcı tarafından kurulan paket bağımlılığının zaten orada olmadığından% 100 emin olun. Bu nedenle, bu çözümün her adımında, önemli olan şeyleri silmediğinize dikkat etmeliydim. Bu çözüm 2 faktöre (1) pacman (2) file.info dayanmaktadır. Belirli bir (kullanıcı tanımlı) zaman aralığında değiştirilen bağımlılıkların gerçekten istenmeyen paketler olduğunu kabul edeceğiz. Kelimeyi buraya not edin.

Evdeki insanlar için bu tekrarlanabilir hale getirdim, çünkü cevap ek bağımlılıkları olan CRAN'dan rastgele bir paket kuracaktır (bu, yerel olarak 3 veya daha fazla bağımlılık içeren bir paket yükler; herhangi bir paket).

bir tekrarlanabilir örnek

library(pacman) 

(available <- p_cran()) 
(randoms <- setdiff(available, p_lib())) 
(mypackages <- p_lib()) 

ndeps <- 1 
while(ndeps < 3) { 

    package <- sample(randoms, 1) 
    deps <- unlist(p_depends(package, character.only=TRUE), use.names=FALSE) 
    ndeps <- length(setdiff(deps, mypackages)) 

} 

package 
p_install(package, character.only = TRUE) 

kaldırma paketi yapma

Biz package ilk bölümünden paket adı atar veya OP, yüklü istenmeyen paketi kullanmak ve bu atayabilirsiniz package (rastgele paketim package <- "OrdinalLogisticBiplot" oldu). Bu silme işlemi, ideal olarak, temiz bir R oturumuyla, hiçbir eklenti paketi (pacman hariç) yüklenmiş olarak yapılmalıdır.

## function to grab file info date/time modified 
infograb <- function(x) file.info(file.path(p_path(), x))[["mtime"]] 

## determine the differences in times modified for "package" 
## and all other packages in library 
diffs <- as.numeric(infograb(package)) - sapply(p_lib(), infograb) 

## user defined threshold 
threshold <- 15 

## determine packages just installed within the time frame of the unwanted package 
(delete_deps <- diffs[diffs < threshold & diffs >= 0]) 

## recursively find all packages that could have been installed 
potential_depends <- unlist(lapply(unlist(p_depends(package, character=TRUE)), 
    p_depends, character=TRUE, recursive=TRUE)) 

## delete packages that are both on the lists of (1) installed within time 
## frame of unwanted package and a dependency of that package 
p_delete(intersect(names(delete_deps), potential_depends), character.only = TRUE) 

Bu yaklaşım bazı büyük varsayımlarda bulunmaktadır.

gelen Daha iyi bir yaklaşım

p_temp(package_to_try) 

gitmek olsun Bu, ilk denemek ve yerel kütüphane bulandırmak yok sağlar.

pacman ile bastırılmamışsanız, silmek için yukarıda açıklanan yöntemi kullanabilirsiniz.

Answer 2

aslında baz Ar bir işlev remove.packages() yoktur, ancak öncelikle yüklemeniz gerekir paketin utils, öyle:

library(utils) 
remove.packages() 

Bu fonksiyon yapar ne kadar özyinelemeli temizleme benim için tamamen net değil.

Answer 3

Paket ve gereksiz bağımlılıkları kaldırmanız gereken bazı kodlar. "Gereksiz" bağımlı paketlerin yorumunun, bu paketin bağımlı olduğu, ancak başka bir pakette kullanılmayan paketler kümesi olduğunu unutmayın. Bu, ters bağımlılıkları olmayan paketleri kaldırmayı önerecek şekilde varsayılan olarak da geçerli olacaktır. Böylece, neyi kaldırmanız gerektiğine dair kontrol sağlamak için etkileşimli bir menü olarak (update.packages'da olduğu gibi) uyguladım.

library("tools") 

removeDepends <- function(pkg, recursive = FALSE){ 
    d <- package_dependencies(,installed.packages(), recursive = recursive) 
    depends <- if(!is.null(d[[pkg]])) d[[pkg]] else character() 
    needed <- unique(unlist(d[!names(d) %in% c(pkg,depends)])) 
    toRemove <- depends[!depends %in% needed] 
    if(length(toRemove)){ 
     toRemove <- select.list(c(pkg,sort(toRemove)), multiple = TRUE, 
           title = "Select packages to remove") 
     remove.packages(toRemove) 
     return(toRemove) 
    } else { 
     invisible(character()) 
    } 
} 

# Example 
install.packages("YplantQMC") # installs an unneeded dependency "LeafAngle" 
c("YplantQMC","LeafAngle") %in% installed.packages()[,1] 
## [1] TRUE TRUE 
removeDepends("YplantQMC") 
c("YplantQMC","LeafAngle") %in% installed.packages()[,1] 
## [1] FALSE FALSE 

Not: recursive seçenek özellikle faydalı olabilir. Paket bağımlılıkları diğer gereksiz paketlere de bağlıysa, recursive = TRUE ayarı hayati önem taşır. Bağımlılıklar sığ ise (yani bağımlılık ağacından yalnızca bir seviye), bu FALSE (varsayılan) olarak bırakılabilir.