Python/Cython'da hızlı n boyutlu seyrek dizi

Question

Çok seyrek olan büyük n boyutlu dizileri içeren bir uygulamam var. scipy.sparse, 'vectorized alma ve ayarlama' özelliğine sahiptir, böylece Cython bir seyrek matrisi hızlı bir şekilde doldurmak için kullanılabilir.

Tabii ki scipy paketi n boyutlarını kaldıramaz. Python sparray ve ndsparse n-boyutlu seyrek dizileri yapan bulduğum iki paket vardır. Ancak, vectorized alma ve ayarlama özelliği yok gibi görünüyor.

yüzden gerek ya:

• vectorized get n boyutlu diziler ve ayarlamak veya kolayca bazı Cython ile erişmek veya
• olabilir seyrek diziler için
• ac kütüphanesi için bir piton paketi ' Ben işe yarayabilir geri 1 veya iki boyuta koordinatları benim amaç ben n-boyut haritalama düşünüyorum için python dict

AC tüketmek gerekiyor sanırım kendi' seçeneğini yuvarlayın. Yine de daha iyi olurdu, bir Cython döngüsünde hızlıca erişebilmem için bir dict eşdeğerine sahip olmak. Bu kuralları python dict üzerinden kabul ediyorum.

C++ harita nesnesinin Cython içinden nasıl kullanılacağı konusunda bana bir örnek verebilir misiniz?

Answer 1

C dict seçeneği ile devam etmeye karar verirseniz, C++ STL'nin std :: haritasını kullanabilirsiniz. Bir sözlük/harita uygulayan daha hızlı veya daha güçlü bir yerel kod bulmanız olası değildir.

cppmap.pyx:

# distutils: language = c++ 

cdef extern from "<map>" namespace "std": 
    cdef cppclass mymap "std::map<int, float>": 
     mymap() 
     float& operator[] (const int& k) 

cdef mymap m = mymap() 
cdef int i 
cdef float value 

for i in range(100): 
    value = 3.0 * i**2 
    m[i] = value 

print m[10] 

setup.py:

from distutils.core import setup 
from Cython.Build import cythonize 
setup(name = "cppmapapp" 
    ext_modules = cythonize('*.pyx')) 

Komut satırı:

$ python setup.py build 
$ cd build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7 
$ python -c 'import cppmap' 
300.0