Listenin elemanlarının tüm ikili kombinasyonlar için bir işlev uygulamak istediğiniz R

Question

liste elemanlarının tüm ikili kombinasyonlar için bir işlev uygulayın. Her bir eleman, aynı uzunluğa sahip olan bir vektördür. Listemden öğelerin sayısı olmak n, bir n x n matris formatında çıktısını istiyorum.

Aşağıdaki örneği inceleyelim:

# Generating data 
l <- list() 
for(i in 1:5) l[[i]] <- sample(0:9, 5, T) 

# Function to apply 
foo <- function(x, y) 1 - sum(x * y)/sqrt(sum(x^2) * sum(y^2)) 

# Generating combinations 
comb <- expand.grid(x = 1:5, y = 1:5) 

Bu döngü eserler ancak yavaş ve çıkış bir matris

# Applying function 
out <- list() 
for(i in 1:nrow(comb)) { 
    out[[i]] <- foo(l[[comb[i, 'x']]], l[[comb[i, 'y']]]) 
} 

herhangi bir fikir olarak biçimlendirilmemiş?

sapply(l, function(x) sapply(l, function(y) foo(x,y))) 

Ben @A ilgilendi:

Answer 1

yuvalanmış sapply işi halleder. Webb çözüm. Dış çözüm biraz daha hızlı daha küçük listeleri Yani

R> for(i in 1:50) l[[i]] <- sample(0:9, 5, T) 
R> microbenchmark(sapply(l, function(x) sapply(l, function(y) foo(x,y))), outer(l,l,Vectorize(foo)), time=1000) 
Unit: nanoseconds 
                expr  min  lq 
sapply(l, function(x) sapply(l, function(y) foo(x, y))) 7493739 8479127.0 
          outer(l, l, Vectorize(foo)) 6778098 8316362.5 
                time  5  48.5 
     mean median  uq  max neval 
1.042e+07 1.027e+07 1.155e+07 17982289 100 
1.030e+07 1.002e+07 1.187e+07 16076063 100 
1.672e+02 1.385e+02 1.875e+02  914 100 

R> for(i in 1:500) l[[i]] <- sample(0:9, 5, T) 
R> microbenchmark(sapply(l, function(x) sapply(l, function(y) foo(x,y))), outer(l,l,Vectorize(foo)), times=100) 
Unit: milliseconds 
                expr min lq mean 
sapply(l, function(x) sapply(l, function(y) foo(x, y))) 677.3 768.5 820.4 
          outer(l, l, Vectorize(foo)) 828.6 903.0 958.3 
median uq max neval 
    815.9 842.7 1278 100 
    930.7 960.5 1819 100 

, ancak daha büyük listeleri için iç içe sapply çözüm biraz daha hızlı olabileceğini düşünmemiz: İşte bazı örnekedinme'dir.