Venn diyagramı yarı saydamlıklı orantılı ve renkli gölgelendirme

Question

Aşağıdaki türde bir sayım verisi var.

A 450 
B 1800 
A and B both 230 

aşağıdaki Venn şeması gibi renkli (kavşaklarda muhtemelen yarı şeffaflık) geliştirmek istiyoruz.

Not: Bu rakam PowerPoint'te çizilmiş bir örnek eldir ve bu ölçek değildir.

Answer 1

Venn diagram from list of clusters and co-occurring factors. kolay çözüm kullanımı pakete venneuler için

:

require(venneuler) 
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230)) 
plot(v) 

daha gelişmiş ve özelleştirilmiş çözümler için paket VennDiagram kontrol edin.

Answer 2

Geek On Acid'in ikinci cevabına göre ikinci öneri (bir kez daha teşekkürler) Hat sorununu da çözebilirdim. Bu diğer googlers için uygun olup olmadığını gönderiyorum! indirebilir ve çalıştırabilirsiniz sezgisel ve esnek orantılı çizici vardır

require(VennDiagram) 
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"), 
    alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
    filename = "trial2.emf"); 

Answer 3

. http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php

ve

jvenn: adresten bul interaktif Venn şeması görüntüleyici - GenoToul Bioinfo: Bu tamamen sorunuzu cevap yok olsa http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/

Answer 4

. Bunun, Venn Diagram'ı çizmek isteyen diğer insanlar için faydalı olacağını düşündüm. Bir gplots paketinden Venn() işlevini kullanabilirsiniz:

## modified slightly from the example given in the documentation 
## Example using a list of item names belonging to the 
## specified group. 
## 
require(gplots) 
## construct some fake gene names.. 
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="") 
geneNames <- replicate(1000, oneName()) 

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE) 
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE) 
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE) 
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE) 

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD)) 

http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

Sonrasında ben sadece çizer kullanarak renk ve şeffaflık ekleyin.

Answer 5

OP'nin R'deki bir çözümü sorduğunu biliyorum, ancak BioVenn adlı web tabanlı bir çözüme işaret etmek istiyorum.

Bu diyagramda I (Photoshop ile) el ile değişmiştir: bu gibi - bu elemanların 3 listelerine alır ve her bir yüzey elemanlarının sayısı ile orantılı olduğu şekilde bir Venn diyagramı çizer BioVenn tarafından seçilen yerleri sevmediğim gibi sayıların yerleştirilmesi. Ama sayıların olmamasını tercih edebilirsiniz. Teorik olarak, BioVenn ile kullanılan listeler, gen kimliklerinden oluşacaktır, ancak pratikte, önemli değildir - listeler sadece dizgileri içermelidir.

Answer 6

Kısa bir süre önce, istediğinizi yapan yeni bir R paketi, eulerr yayınladım. Venneuler'e oldukça benzer ama tutarsızlıkları yok.

library(eulerr) 
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230)) 
plot(fit) 

Ya da değil kütüphaneye ("sos") `ile başlamak Neden eulerr.co