2015-11-10 5 views
11

H5py ile oluşturduğum HDF5 formatındaki dosyaları okumaya çalışırken panda hatası alıyorum. Ben sadece yanlış bir şey yapıyorum merak ediyorum? Nesne mevcut değilse bir stoklayıcı oluşturamaz ne de bir değer ben '/ sıfır' (Ben yapardım olarak anahtar grubunu belirtmek çalıştı Pandalar, h5py ile oluşturulmuş hdf5 dosyasını okuyamaz

geçirilir: TypeError:
import h5py 
import numpy as np 
import pandas as pd 
h5_file = h5py.File('test.h5', 'w') 
h5_file.create_dataset('zeros', data=np.zeros(shape=(3, 5)), dtype='f') 
h5_file.close() 
pd_file = pd.read_hdf('test.h5', 'zeros') 

hata veriyor Dosya okunurken h5py ile) şanssız. Bunu okumak için pandas.HDFStore kullanırsanız

, geri boş mağaza olsun:

h5_back = h5py.File('test.h5', 'r') 
h5_back['/zeros'] 
<HDF5 dataset "zeros": shape (3, 5), type "<f4"> 

bu kullanma:

store = pd.HDFStore('test.h5') 
>>> store 
<class 'pandas.io.pytables.HDFStore'> 
File path: test.h5 
Empty 

Ben h5py geri yeni oluşturulan dosyayı okurken hiçbir sorunları var sürümleri: önceden

Python 3.4.3 (v3.4.3:9b73f1c3e601, Feb 23 2015, 02:52:03) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)] on darwin 

pd.__version__ 
'0.16.2' 
h5py.__version__ 
'2.5.0' 

Çok teşekkürler, Masha

+0

Ayrıca bkz. Https://github.com/pandas-dev/pandas/issues/9539 –

cevap

9

pandas.io'da pytables modülünde biraz çalıştım ve pandaların HDF dosyalarıyla etkileşimini bildiğimden pandaların anladığı belirli yapılar sınırlı. , Sen DataFrame yeniden ihtiyaç vardır 4 öğelerle bir yol /test göreceksiniz açık 'test.h5' HDFView yılında Eğer

import pandas as pd 
import numpy as np 
pd.Series(np.zeros((3,5),dtype=np.float32).to_hdf('test.h5','test') 

deneyebilirsiniz, bu neye benzediğini görmek için.

HDFView of test.h5

Yani NumPy dizilerde okumak için tek seçenek doğrudan bunları okuyup ardından Pandalar nesnelere bu dönüştürmek olduğunu düşünüyorum.

+0

Pandalara dikiş dikmek istedim, ancak h5py bağımlılığını korumam gerekiyor gibi görünüyor. Cevabınız için çok teşekkür ederim! –

İlgili konular