Bir filogenetik ağacında bulunan uç etiketleri temelinde bir veri çerçevesinin satırlarını sipariş etmeye çalışıyorum. Ben this question cevabına benzer match
işlevini kullanmak için gidiyordu, ancak ben işlevini kullanarak düğümleri yeniden sıraladığınızda ape
phylo nesnesinin tip.label
özelliği değişmez çünkü ben takılıyorum. tip.label
sırası ağacının görsel sunumu yapmasa da değişmediğiniMerdiveni çağırdıktan sonra APE'de ipucu etiketlerinin doğru sırası nasıl alınır
library(ape)
tree <- read.tree(text = "(((A,B),(C,D)),E);")
tree2 <- ladderize(tree, right = FALSE)
tree$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"
tree2$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"
dikkat edin. Bu basit örnekte, ladderize
işlevinden sonra ağacın görsel sırası E A B C D
(çizimden sonra ağaçtan aşağıya doğru okuma) 'dir. Siparişin ağaçtaki düğümlerin yeni sırasını yansıttığı tip.label
vektörünün bir kopyasını nasıl alabilirim?