Scipy hatası: değişmiş numpy.dtype boyutu, ikili uyumsuzluk (ve ilişkili garip davranışlar)

Question

gösterebilir Ben numpy/scipy/OS X 10.9.4 üzerinde scikit-öğrenme yüklediğim ve değişmiş "numpy.dtype boyutu hakkında hataları alıyorum , ikili uyumsuzluğu gösterebilir ". (Bizim testlerin başında warnings.simplefilter('error') kullanmak bir hata nedeniyle dönüştü) İşte

mkvirtualenv thm 
workon thm 
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff 
cd /path/to/our/repo 
# run tests 

alakalı bir uyarı bir traceback alıntı::

====================================================================== 
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in 
compatibility) 
---------------------------------------------------------------------- 
Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py", 
line 414, in loadTestsFromName 
    addr.filename, addr.module) 
    File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py 
", line 47, in importFromPath 
    return self.importFromDir(dir_path, fqname) 
    File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py 
", line 94, in importFromDir 
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc) 
    File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m 
odule> 
    import sklearn.metrics 
    File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/ 
__init__.py", line 6, in <module> 
    from .metrics import (accuracy_score, 
    File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module> 
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming 
    File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module> 
    from .ckdtree import * 
    File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570) 
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility 

İşte

Ben repo inşa etmek yaptık

Ben bu uyarı yüklü olandan Numpy farklı bir sürümü karşı derlenmekte SciPy neden olduğu söylendi. Ancak, ben oldukça standart bir yol olduğunu düşündüğüm içinde pip ile hepsini yüklü, yani bu bir sorun olmamalı, ben düşünürdüm.

Tuhaf olarak, tüm test paketimizi bir bütün olarak (python -m unittest discover aracılığıyla) çalıştırmaya rağmen, bu hataları verir, bireysel testleri (python -m unittest <module> aracılığıyla) çalıştırarak düzgün çalışır.

testlere göre, burada biraz alakalı versiyon bilgiler verilmiştir:

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66) 
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0) 
sklearn version 0.15.2 
pandas version 0.14.1 

istek üzerine daha fazla bilgi sağlamak için mutlu!

Eğer sklearn 0.14.1 inşa nasıl oldu

Answer 1

? Scipy için yaptığınız gibi aynı numaraya karşı mı yaptın? arasında

Son versiyonları scikit-öğrenme, scipy ve önceden oluşturulmuş-paketleri var numpy. Özellikle scikit-öğrenmek 0.15.2, sayısal 1.7+ ile uyumlu ikili olmalıdır. Aynı SciPy 0.14.0 de geçerlidir düşünüyorum ama sen (bu sadece önceden oluşturulmuş whl paketini yüklemek gerekir) varsayılan olarak yapmalıdır pip ne değildir bir kaynaktan kendin inşa söyledi.

Düzenleme:

pip install -U scipy scikit-learn pandas 

o paketler için whl en yeni ve kararlı sürümlerini kullandığınızdan emin olmak için: Yapmanız denediniz mi?

Edit: Aşağıdaki yorum işe yarayacak ve muhtemelen bu yanıtın neden kabul edildiği konusunda gerçek bir cevaba sahiptir. Yani:

pip uninstall -y scipy scikit-learn 
pip install --no-binary scipy scikit-learn