Ağ Modülerlik Hesaplamaları R

Question

Network Modularity denklemi wikipedia sayfasında (ve saygın kitaplarda) verilmiştir. Bazı kodlarda çalıştığını görmek istiyorum. Bunu R (The R Foundation for Statistical Computing) ile kullanılan igraph için modularity library kullanarak mümkün olduğunu bulduk.

Modülerliği hesaplamak için kodda kullanılan aşağıdaki örneği (veya benzerini) görmek istiyorum. Kütüphane örnek veriyor ama gerçekten istediğim şey değil.

bize köşe bir dizi ver V = {1, 2, 3, 4, 5} ve kenarları e = {(1,5), (2,3), (2,4), (2, 5) (3,5)} bu, doğrulanmamış bir grafik oluşturur.

Böl iki topluluklara bu noktalar: c1 = {2,3} ve c2 = {1,4,5}. Bu iki toplumun hesaplanması gereken modülerliktir. Burada

Answer 1

library(igraph) 
g <- graph(c(1,5,2,3,2,4,2,5,3,5)) 
membership <- c(1,2,2,1,1) 
modularity(g, membership) 

Bazı açıklama:

1. grafik oluştururken kullandığım vektör grafiğinin kenar listesidir. (Igraph, 0.6'dan büyük sürümlerde, sayıları 1'den çıkarmak zorundaydık, çünkü igraph, o anda sıfır tabanlı vertex endekslerini kullanıyor, ancak artık değil).

2. üyelik vektörü membership ait i-inci elemanı i ait olduğu tepe topluluğun indeksini verir.